Fluoresoiva mikroskooppi on laite, jota käytetään näytteen lähettämän fluoresenssin määrän ja tyypin tutkimiseen. Toisin kuin perinteinen mikroskooppi, fluoresoiva mikroskooppi luo luettavia kuvia käyttämällä säteilytystä ja suodatusta perinteisen heijastuksen sijaan. Tämäntyyppinen mikroskooppi on tärkeä työkalu solu- ja geneettisessä tutkimuksessa, myös kolmiulotteisten mikrobikuvien tuottamisessa.
Fluoresenssi on ilmiö, joka ilmenee, kun materiaali kiihtyy tai aktivoituu altistuessaan säteilylle. Kun materiaali alkaa rauhoittua, jännityksen synnyttämä energia säteilee valona. Joillakin aineilla fluoresenssi on luonnossa esiintyvä ominaisuus, joten ulkoista säteilytystä ei tarvita valon lähettämiseksi. Muut aineet eivät ole luonnollisesti fluoresoivia, mutta voivat muuttua sellaisiksi, kun ne kiihtyvät oikean aallonpituuden valolla. Fluoresoiva mikroskooppi on ensisijainen tapa jännittää ja tarkkailla tällaisia materiaaleja.
Fluoresoivassa mikroskoopissa näyte voidaan lyödä valolla, joka on erityisesti valittu fluoresenssin luomiseksi. Suodattimen avulla mikroskooppi sallii vain valitun aallonpituuden päästä näytteeseen parhaan reaktion varmistamiseksi. Fluoresenssin luomiseen käytetty valonlähde voi vaihdella fluoresoivan mikroskoopin ja näytteen tyypin mukaan. Yksi yleisimmistä fluoresoivassa mikroskoopissa käytettävistä valonlähteistä on elohopeahöyrylamppu, joka luo erittäin kirkkaan valon. Toinen usein käytetty valotyyppi on ksenonkaarilamppu, joka tuottaa samanlaista valoa kuin päivänvalo. Joissakin tilanteissa sen sijaan voidaan käyttää lasereita perinteisten valojen sijasta.
Kun näyte on herätetty, tarvitaan toinen suodatin valon aallonpituuden estämiseksi. Tämä säteenjakajana tunnettu suodatin heijastaa valoa pienemmällä aallonpituudella kuin näytteen virittämiseen käytetty suodatin. Tämä tarkoittaa, että mikroskoopilla luotua kuvaa ei saastuta alkuperäinen valonlähde, koska korkeamman aallonpituuden valo kulkee säteenjakajan läpi. Siten lopullinen luotu kuva heijastaa vain näytteen fluoresoivaa valoa.
Fluoresoivalla mikroskoopilla on monia erilaisia sovelluksia kaikkialla tieteellisessä maailmassa. Useimmiten sitä käytetään solujen ja mikro-organismien tutkimuksessa, koska se voi tarkasti ja selkeästi määrittää pieniä näytteitä koskevia yksityiskohtia. Lääketieteen ja biologian tutkijat käyttävät usein fluoresoivaa mikroskooppia tutkiakseen DNA: ta ja RNA: ta, oppiakseen käyttäytymisestä ja solujen rakenteellisista yksityiskohdista sekä tutkimaan vasta -aineita taudin ymmärtämiseksi paremmin.