Fluorofori on osa molekyyliä, joka on vastuussa fluoresoivan säteilyn luomisesta näkyvän valon spektrissä. Kromoforeina tunnetut fluoroforit absorboivat eri valon aallonpituuksia ja luovat näkyvän valon. Tämä on lähinnä alue, jossa kahden eri molekyylin elektronien kiertoradat sijaitsevat. Valo vaikuttaa tähän alueeseen ja innostaa elektronit luomaan valoa. Fluoroforin tapauksessa tämä aiheuttaa vähemmän energisen aallonpituuden stimulaatiota.
Fotonit absorboituvat fluoroforispektrissä, mutta sen sijaan, että ne saisivat aikaan suuremman jännityksen elektronissa, se tuottaa hitaamman nopeuden. Tämä aiheuttaa kirkkaita kuvia, jotka yleensä liittyvät fluoresenssiin. Pohjimmiltaan mitä kirkkaampi valotus, sitä vähemmän fluoresenssia näkyy. Tästä syystä monet fluoresoivat värit näkyvät parhaiten valonlähteissä, kuten mustissa valoissa.
Fluoroforeja voi esiintyä luonnossa tai niitä voidaan käyttää keinotekoisilla menetelmillä. Monet kalat ja kivet ylläpitävät tämän kromoforin luonnollista tasoa. Se on kuitenkin yleisin tiedeyhteisössä, kun sitä käytetään tutkimukseen. Se auttaa analysoimaan tiettyjä materiaalien ominaisuuksia, jolloin tutkijat voivat tunnistaa reaktiot ja muutokset biokemian ja proteiinitutkimuksen aloilla. Esimerkiksi immunofluoresenssin kurinalaisuus käyttää tekniikkaa antigeenien ja vasta -aineiden merkitsemiseksi solunsisäisellä tasolla.
Tutkimuksissa yleisimmin käytetty fluorofori on fluoreskeiini -isotiosyanaatti, aine, joka voidaan kiinnittää kemiallisesti molekyyleihin. Tämä antaa tutkijoille tavan visualisoida ei-fluoresoivien aineiden muutokset. Muita esimerkkejä ovat kumariini, syaniini ja rodamiini. Joillakin fluoresenssia käyttävillä aineilla voi olla haitallisia vaikutuksia tutkimukseen pH -tasojen muutosten vuoksi. Tutkimuksen edetessä kehitetään uusia väriaineita, joilla kaikilla on erilaiset sovellukset, jotka mahdollistavat vähemmän tunkeilevia muutoksia molekyyleihin.
Puhtaan tieteen lisäksi fluoroforimuunnoksista on tullut suosittu tapa markkinoida tuotteita kuluttajille. Yksi ensisijainen esimerkki tästä on GloFish ™, geneettisesti muunnettu seeprakala, jota voi ostaa punaisena, vihreänä tai oranssina fluoresoivina väreinä. Vuonna 1999 Singaporen kansallisen yliopiston tutkijat yrittivät luoda kalan, joka voisi havaita saastumisen. Yhdistämällä meduusan vihreä fluoresoiva proteiini seepraan, eläimellä oli kirkas fluoresenssi, erityisesti mustien valojen alla. Pian havaittiin, että muista lähteistä saatuja lisäominaisuuksia, kuten merikorallia, voitaisiin käyttää uusien värien luomiseen, mikä avaa tien elävien fluoresoivien eläinten myymiseksi lemmikkeinä.