Genomiselain on verkkokäyttöliittymä, jota käytetään katsomaan kromosomin fyysistä karttaa. Tämä kartta osoittaa, kuinka paljon DNA erottaa kaksi geeniä mitattuna emäspareina. Ihmisen kromosomien koko vaihtelee 50 miljoonasta yli 250 miljoonaan emäspariin. Genomiselain näyttää kaavamaisia esityksiä kokonaisista kromosomeista sekä “lähennettyjä” kaavioita yksittäisistä geeneistä ja jopa varsinaisesta emäsparisekvenssistä.
Genomiselaimen avulla käyttäjä voi selata kromosomia ja lähentää tiettyjä paikkoja. Monien genomiselainten avulla käyttäjä voi zoomata lähemmäksi todellisen DNA -sekvenssin tarkastelun tasoa, vaikka selaimen todellinen hyöty on kyky tarkastella geenejä laajemmassa kontekstissaan sen sijaan, että tarkasteltaisiin DNA -sekvenssiä nukleotiditasolla. Geenin keskikoko on 3,000 2.4 emäsparia, joten kun sitä lähennetään emäsparitasolla, käyttäjä näkee vähemmän kuin koko geenin. Suurin ihmisen geeni, dystrofiini, on XNUMX miljoonaa emäsparia pitkä.
Genomiselaimet voivat näyttää geenien kaavamaisten esitysten lisäksi myös muita hyödyllisiä tietoja. Tämä voi sisältää geenin osan, joka on muunnettu proteiiniksi, jota kutsutaan mRNA: ksi, ja DNA -sekvenssejä, joilla on muita toimintoja kuin proteiinin koodaaminen. Genomiselain voi myös näyttää, mitä DNA -segmenttejä käytettiin genomin sekvensointiprosessissa.
Monilla organismeilla on sekvensoitu genomi. Ei ole olemassa yhtä selainta, joka olisi vakio genomiikan alalla, joten genomiselaimet voivat vaihdella sekvensoitujen genomien välillä. Genomiselainten tehtävänä on etsiä kiinnostavia geenejä tai sekvenssejä, jolloin käyttäjä voi siirtyä genomisesta paikasta toiseen. Ei olisi tehokasta vierittää kromosomia haluttuun paikkaan, koska useimmat kromosomit ovat erittäin suuria.
Joillakin genomiselaimilla on työkaluja, joita kutsutaan geeninlajittelijoiksi. Tämä työkalu näyttää taulukon geeneistä, jotka liittyvät toisiinsa. Suhde voi olla yksi useista tyypeistä: sekvenssin homologia, samanlainen ilmentymisprofiili tai genominen läheisyys. Käyttäjä etsii geeniä sanalla tai lauseella, valitsee haluamansa suhteen ja geenilajittelija näyttää haun tulokset.