Ihmisen ruoansulatuskanava alkaa suusta ja ulottuu peräaukkoon. Suolistofloora viittaa ruoansulatuskanavassa oleviin mikro -organismeihin. Nämä mikro -organismit ovat yleensä vaarattomia. Niiden jakautuminen vaihtelee suolen sijainnin ja yksilöiden välillä. Niillä on tärkeä rooli suolen suojaavassa, rakenteellisessa ja metabolisessa toiminnassa.
Bakteerit ovat suoliston hallitsevia mikro -organismeja. Ne hallitsevat sekä ohutsuolen distaalisen että ileumin sekä paksusuolen. Hapan, haiman ja sapen eritykset estävät niiden mahalaukun ja proksimaalisen ohutsuolen pohjukaissuolen kolonisaation. Aerobiset bakteerit, kuten aerobiset laktobakteerit ja enterokokit, ovat suoliston kasvua jejunumissa, ja sykkyräsuolen ja paksusuolen hallitsevat anaerobiset bakteerit, kuten bifidobakteerit, Escherichia coli ja anaerobiset laktobasillit. Aikuisen suolistossa voi esiintyä joitain muutoksia bakteeripopulaatiossa, kun ikä, ruokavalio, elämäntapa ja ympäristö muuttuvat.
Normaaleissa olosuhteissa ihmisen isännällä ja sen suolistoflooralla on symbioottinen suhde, jossa molemmat ovat hyödyllisiä toisilleen. Ihmisen isäntä tarjoaa ruokaa ja vakaan ympäristön suolistoflooralle. Samaan aikaan suolistofloora tarjoaa hyötyä ihmiselle, koska se estää haitallisten bakteerien kolonisaation suolistossa, estää suoliston tulehduksia, edistää immuunijärjestelmän kehittymistä, parantaa ruoan ja veden imeytymistä ja syntetisoi K- ja B12 -vitamiineja.
Haitallisten bakteerien kasvua estetään estovaikutuksella, mikä tarkoittaa, että suolistoflooran tarttuminen suoliston limakalvoon kilpailee haitallisten bakteerien kanssa ja estää niiden hyökkäyksen. Sen rooli suoliston tulehdusten estämisessä ja immuunijärjestelmän kehityksen edistämisessä johtuu suolistoflooran kyvystä stimuloida suolen imukudoksia tuottamaan vasta -aineita haitallisille bakteereille. Lymfoidisten kudosten kasvu voi johtua myös lyhytketjuisista rasvahapoista, jotka ovat bakteerien hiilihydraattien käymisen tuotteita. Lisäksi lyhytketjuiset rasvahapot kontrolloivat suoliston vuoraavien solujen lisääntymistä ja erilaistumista, mikä auttaa estämään suolen limakalvon vaurioita.
Hiilihydraattien käymisen lisäksi suolistoflooran tuottamat entsyymit parantavat myös hiilihydraattien imeytymistä. Nämä entsyymit pilkkovat hiilihydraatteja hyödylliseksi energiaksi ja ravintoaineiksi ihmisille. Lisäksi veden ja ravintoaineiden, kuten raudan, kalsiumin ja magnesiumin, imeytyminen, jotka ovat myös välttämättömiä ihmiskehon aineenvaihduntatoiminnoissa, paranee.