Haiman kystahoitoon ei useinkaan liity lainkaan hoitoa. Pienet, hyvänlaatuiset kystat ja pseudosystat häviävät usein itsestään, joten tarkkaavainen odotus riittää usein, vaikka lisähoitoa on ehkä harkittava, jos ne aiheuttavat epämukavuutta tai muita oireita. Jos ne eivät selviä ilman hoitoa, lääkärin on seurattava heitä, jotta he voivat jatkaa kasvuaan tai näkevätkö he merkkejä syövän muutoksesta, jolloin biopsia saattaa olla tarpeen. Suuret kystat tai ne, jotka kasvavat ajan mittaan ja aiheuttavat potilaalle ongelmia, on ehkä tyhjennettävä neulalla. Ne voivat myös vaatia kirurgista poistoa, varsinkin jos on merkkejä siitä, että ne voivat muuttua syöväksi.
Monille potilaille haiman kysta – joka ei ehkä ole todellinen kysta, vaan pseudokysta, josta puuttuu erikoistuneita soluja, jotka erittävät nestettä tilaan, johon he asuvat – poistuvat ilman hoitoa. Monet lääkärit käyttävät mieluummin valppaana odottamismenetelmää, jossa hoitoa ei anneta ja kystaa seurataan muutosten varalta. Usein hyvänlaatuinen kysta häviää kuuden viikon kuluessa, eikä se vaadi toimenpiteitä.
Haiman kysta, joka jatkuu normaalin valppaana odottamisen jälkeen, ei välttämättä vielä edellytä hoitoa, mutta vaatii tyypillisesti seurantaa. Haiman kystat voivat kasvaa ajan myötä, ja kun ne ovat suurempia kuin 2 senttimetriä, ne voivat aiheuttaa selkä- tai vatsakipuja, keltaisuutta tai jopa tarttua. Ne voivat myös muuttua syöpää edeltäväksi tai syöväksi. Lääkärin on tarkistettava säännöllisesti käynnissä olevat kystat varmistaakseen, etteivät ne aiheuta ongelmaa.
Tyhjennys on joskus hoito suurelle, oireelliselle haimasystalle, erityisesti vanhemmilla potilailla, jotka eivät ehkä ole fyysisesti riittävän terveitä leikkaukseen. Tämä tehdään tyypillisesti käyttämällä endoskooppia, joka on joustava putki, joka voidaan varustaa tyhjennysneulalla suuhun ja vatsaan asti. Siellä neula työnnetään kystaan sisäisen nesteen poistamiseksi.
Leikkaus on usein hyvä vaihtoehto haimasystan hoitoon. Nuoret, terveet potilaat saattavat valita tämän vaihtoehdon tyhjennyksen sijaan, koska se on usein tehokkain tapa. Se on myös yleensä edullinen menetelmä, jos biopsia osoittaa, että kysta voi tulla syöväksi. Kun haiman kysta poistetaan kirurgisesti, mahdollisuudet sen palaamiseen ovat melko pienet.