Hammastahnan käyttö ulottuu jopa 5000 eaa., Ja sillä on pidempi historia kuin hammasharjoilla. Monet muinaiset sivilisaatiot käyttivät jonkinlaista hammastahnaa hampaidensa puhdistamiseen, vaikka sitä käytettiin usein jauhemuodossa eikä tahnana. Hammastahnan historia vaihtelee kuitenkin maittain, ja kullakin kulttuurilla oli omat reseptinsä ja rituaalinsa hampaiden pitämiseksi puhtaina. Egyptiläiset käyttivät ensimmäisiä hammastahnaa ja sisälsivät siihen usein ainesosia, kuten hiiltä ja munankuoria, ja parittomat ainesosat, kuten saippua, olivat yleisiä joillakin alueilla vuosisatojen ajan. Monet asiantuntijat uskovat, että myös intialaiset ja kiinalaiset kulttuurit alkoivat käyttää sitä 5. vuosisadalla eKr.
Egyptiläiset loivat varhaiset hammastahnansa erilaisista ainesosista. Jotkut egyptiläiset hammastahnareseptit ovat saattaneet sisältää poltettuja munankuoria, härkien kavioiden tuhkaa, mirhaa, hohkakiveä ja vettä sekoitettuna keskenään. Monia reseptejä käytettiin kuitenkin ennen hammasharjan keksimistä, joten egyptiläiset käyttivät hammastahnaansa tikkujen päillä, joita usein kutsutaan purutikkuiksi.
Hammastahnan varhaisessa historiassa uskotaan, että muinaiset kreikkalaiset ja roomalaiset pitivät parempana lisätä kovempia esineitä hammastahnaresepteihinsä karkean, hankaavan tahran luomiseksi, joka puhdistaisi hyvin. Tämä saavutettiin jauhamalla ostereiden kuoret ja luut. Puuhiiltä ja kuorta lisättiin myös roomalaisiin hammastahnaresepteihin, samoin kuin aromit hengityksen virkistämiseksi.
Kiinalaisilla oli myös erilaisia hammastahnan reseptejä, ja he käyttivät usein yrttejä ja suolaa hampaidensa puhdistamiseen. Hengityksen virkistämiseksi kiinalaiset pureskelivat tuoksuvia tikkuja puista. Monet hammastahnan historian asiantuntijat uskovat, että kiinalaiset keksivät myös ensimmäisen hammasharjan 15 -luvulla eaa.
1800 -luvulta vuoteen 1945 monet hammastahnareseptit sisälsivät tasaisemman koostumuksen saippuaa. Vuoden 1945 jälkeen tähän tarkoitukseen käytettiin kuitenkin ainesosia, kuten natriumlauryylisulfaattia. Tahnan koostumus tasoitusaineineen oli paljon kuin nykyaikana käytetyt hammastahnat. Liitu oli myös yleinen ainesosa hammastahnoissa 1800-luvun puolivälissä ja lopussa, ja betelipähkinä sisällytettiin säännöllisesti Englannissa käytettyihin yleisiin hammastahnaresepteihin.
Hammastahnan myöhemmän historian aikana tuote kehittyi edelleen. Luotiin kehittyneitä valkaisukaavoja ja lisättiin esimerkiksi fluoridia. Fluorin havaittiin estävän hampaiden reikiintymistä, ja valkaisuaineita käytettiin hammaskiilteen kellastumisen estämiseen. Myös erikoishammastahnat yleistyivät, mukaan lukien kaavat niille, joilla on lämpötilaherkkiä hampaita, herkkiä ikeniä ja suun kuivumista.