Harlemin tanssiteatteri syntyi pääasiassa Arthur Mitchellin, ensimmäisen afrikkalaisamerikkalaisen miestanssijan pyrkimyksistä tulla kansainvälisesti tunnetun balettiryhmän vakituiseksi jäseneksi. Mitchell debytoi New York Cityn baletissa George Balanchinen Länsi -sinfoniassa vuonna 1955. Hän tanssi yhtiön kanssa 15 vuotta. Kuultuaan tohtori Martin Luther Kingin murhasta hän meni Harlemiin opettamaan paikallisia lapsia tanssista.
Mitchell alkoi antaa Harlemin koululaisille balettitunteja vuonna 1968. Tunnit pidettiin kirkon kellarissa. Aluksi hän opetti luokkia etuoven ollessa auki, jotta ohikulkijat voisivat seurata oppilaiden työtä. Hän aloitti 30 ilmoittautuneella oppilaalla, mutta kesän loppuun mennessä koulussa oli 400 oppilasta. Vuoteen 1969 mennessä Harlemin tanssiteatterista tuli virallisesti koulu- ja balettiryhmä.
Vuonna 1969 opiskelijat kiertelivät enimmäkseen paikallisesti tarjoten luentoesityksiä. Pian tämän jälkeen Mitchell oli koonnut 20 ammattitanssijan ryhmän, joka debytoi vuoden 1971 festivaalilla Spoletossa, Italiassa. Kahden eurooppalaisen kiertueen ja kolmen kansallisen kiertueen jälkeen uusi yritys nautti ensimmäisen virallisen kautensa New Yorkissa.
Vuonna 1981 he olivat ensimmäinen mustabaletti, joka tanssi arvostetulla Covent Gardenilla Lontoossa. Vain vuotta myöhemmin he tanssivat Metropolitan -oopperatalossa New Yorkissa. He ovat erikoistuneet George Balanchinen, Jerome Robbinsin ja Arthur Mitchellin koreografioimaan baletteihin, ja he ovat myös tunnettuja klassisista baleteista, kuten Giselle ja Swan Lake.
Merkittäviä tanssijoita, jotka ovat esiintyneet Harlemin tanssiteatterin kanssa, ovat Virginia Johnson, Stephanie Baxter, Eddie Shellman, Mel Tomlinson, Alicia Graf ja Donald Williams. Heidän ponnistelunsa auttoivat Harlemin tanssiteatteria tulemaan uraauurtavaksi tanssiryhmäksi. He osoittautuivat maailmalle Afrikkalais-amerikkalaiset tanssijat kykenivät esittämään klassista balettia yhtä loistavasti kuin mikä tahansa muu yhtiö ympäri maailmaa.
Harlemin koulun tanssiteatteri hoitaa tanssijoita yhtiölle, mutta kutsuu myös virkistysnuoria tanssijoita oppimaan sen taidon. Tanssitunteja on kolme tasoa: yhteisö, esiammattimainen ja ammatillinen. Luentoja on tarjolla eri tyyleissä, kuten baletti, tap, jazz, moderni, afrikkalainen tanssi, irlantilainen step -tanssi, voimistelu, karate ja jopa tai chi. Musiikkiteoria ja tanssihistoria ovat muita tärkeitä oppitunteja opiskelijoille.
Harlemin tanssiteatteri järjestää useita tiedotusohjelmia kouluttaakseen yhteisöä tanssista. Yksi ohjelma on nimeltään Tanssi esteiden läpi. Se tarjoaa erilaisia aktiviteetteja, työpajoja ja esittelyjä paikallisille kouluille ja yhteisöille. Yhtiö haluaa inspiroida kaiken etnisen taustan lapsia rakkauteen esittävää taidetta kohtaan.
Taloudellisten vaikeuksien jälkeen koulu sulki tilapäisesti ovensa vuonna 2004, ja yhtiö lomautti noin 44 tanssijaa. Onneksi koulu avattiin uudelleen kuusi viikkoa myöhemmin huolestuneiden baletin ystävien ponnistusten ansiosta ympäri maailmaa. Varainhankinta useilta yksittäisiltä, valtion, yritysten ja säätiöiden lähteiltä auttoi elvyttämään yrityksen ja koulun.