Vaurioitunut immuunijärjestelmä ei toimi niin hyvin kuin pitäisi, koska komponentit ovat heikentyneet tai puuttuvat. Potilaille voi kehittyä immuunipuutos, kuten tiedetään, lääketieteellisten hoitojen, taustalla olevan sairauden tai synnynnäisten sairauksien seurauksena. Niin kauan kuin immuunijärjestelmä ei ole täysin toimintakykyinen, potilaalla on lisääntynyt infektioriski ja hän ei kykene torjumaan niitä. Hoitoja on saatavilla näiden ongelmien ratkaisemiseksi riippumatta siitä, onko immuunipuutos tilapäinen vai pysyvä.
Joillakin potilailla on synnynnäisiä immuunipuutoksia, mikä tarkoittaa, että heidän immuunijärjestelmänsä eivät toimi kunnolla, koska heidän kehonsa ei pysty muodostamaan tiettyjä soluja tai säätelemään immuunitoimintaa. Muissa tapauksissa heikentynyt immuunijärjestelmä on hankittu tila, joka johtuu altistumisesta toksiineille, infektioille, kuten ihmisen immuunikatovirukselle (HIV) tai tietyille lääkkeille. Jotkut lääkkeet voivat tukahduttaa immuunitoiminnan sivuvaikutuksena, mikä näkyy syöpälääkkeiden ja joidenkin steroidien yhteydessä. Hoidon hyödyt ovat riskejä suuremmat, mutta potilasta on seurattava koko hoidon ajan.
Tietyt lääketieteelliset hoidot voivat vaatia immuunijärjestelmän tarkoituksellista indusointia. Esimerkiksi elinsiirtoja valmistelevien potilaiden on tukahdutettava immuunijärjestelmänsä, jotta he eivät hylkää siirtoa. Heidän on myös otettava immunosuppressiivisia lääkkeitä koko elämänsä ajan estääkseen hylkäämisen alkamisen. Väliaikainen vakava immuunikatovaste voidaan aiheuttaa juuri ennen luuydinsiirtoa, jolloin luovuttaja korvaa lopulta immuunitoiminnon.
Tarttuvat organismit tarttuvat todennäköisemmin potilaaseen, jolla on heikentynyt immuunijärjestelmä, mukaan lukien harvinaiset organismit, jotka eivät yleensä aiheuta sairauksia terveillä yksilöillä. Keholta puuttuu puolustusmekanismi bakteerien, virusten ja muiden sairauksien syiden tunnistamiseksi ja tuhoamiseksi. Lisäksi kun infektio kehittyy, keho kykenee heikentämään sitä. Tämä tarkoittaa sitä, että ”tavallinen” vilustuminen tai flunssa voi muuttua vakavaksi, koska potilaan keholla ei ole sopeutumista samoin kuin terveillä ihmisillä.
Potilaat on ehkä eristettävä, kun heidän immuunijärjestelmänsä on erityisen heikko. Tämä voi tapahtua sairaalassa tai turvallisessa kotiympäristössä. Toisia voidaan neuvoa olemaan varovaisia mahdollisista altistumislähteistä, kuten pienistä lapsista, jotka voivat kantaa erilaisia viruksia luokasta, tai elintarvikkeista, joiden tiedetään kuljettavan tarttuvia organismeja. Lääkkeet voivat parantaa joissakin tapauksissa heikentynyttä immuunijärjestelmää, mutta niiden on ehkä oltava tasapainossa muiden terveysongelmien kanssa, jotka voivat aiheuttaa vasta -aiheita, joissa lääkkeen käyttö ei olisi turvallista.