Hippokampus, joka on nimetty siksi, että sen muoto muistuttaa hämärästi merihevosta, on vastuussa pitkäaikaisten muistojen koodaamisesta ja avaruuden navigoinnista. Se on yksi aivojen fylogeneettisesti vanhimmista osista ja ensimmäinen osa valitaan keinotekoisesti kopioitavaksi aivoproteesiksi. Hippokampuksen tiedetään liittyvän episodisten muistojen vahvistamiseen, jotka ovat muistoja henkilökohtaisesti kokeneista tapahtumista ja niihin liittyvistä tunteista. Toisin kuin semanttiset muistot abstrakteista tosiasioista ja niiden assosiaatioista, episodiset muistot voidaan esittää tarinoina. Hippokampuksen vaurioituminen johtaa kyvyttömyyteen muodostaa uusia pitkäaikaisia episodisia muistoja, vaikka uusia menettelymuistoja, kuten moottorisekvenssejä jokapäiväisiin tehtäviin, voidaan silti oppia.
Skitsofreniassa ja tietyntyyppisissä vakavissa masennuksissa hippokampus kutistuu. Hippokampus tunnetaan myös yhtenä rakenteellisimmista ja tutkituimmista aivojen osista, minkä vuoksi se valittiin proteesien emulointiin. Vaikka tarkkoja hermoalgoritmeja ei tunneta, ne on mallinnettu kokonaisuudessaan. Koska hippokampus on niin vanha, sitä on optimoitu laajasti evoluution avulla ja se on periaatteessa sama kaikissa nisäkäslajeissa. Tästä syystä oli mahdollista suunnitella hippokampuksen proteesi perusteellisen tutkimuksen avulla rotan hippocampista, joka oli suspendoitu aivo -selkäydinnesteeseen.
Navigointia varten hippokampus sisältää “paikkasoluja”, jotka aktivoituvat eläimen havaitun sijainnin mukaan. Voidaan vahvasti todeta, että nämä solut ovat olemassa hippokampuksessa, koska muistia on käytettävä nykyisen sijainnin määrittämiseen perustavaa laatua olevista muuttujista, kuten suunnasta ja nopeudesta. Näiden paikkasolujen aktivoitumista on havaittu virtuaalitodellisuuskaupungeissa navigoivilla ihmisillä. Monia avaruudenavigointitehtäviä varten tarvitaan ehjä hippokampus. Hippokampus oli alun perin liitetty väärin hajuaistiin, jota hajuaivokuori todella käsittelee.