Hippokampus on aivojen limbisen järjestelmän rakenne, ja se näyttää hieman ylösalaisin olevalta merihevoselta, joka osoittaa pään etuosaa kohti. Symmetrinen hippokampuksen anatomia heijastuu molempiin aivopuoliskoihin. Rakenne on vastuussa tiedon välittämisestä talamukselle ja vaikuttaa paikkatietoisuuteen, muistiin ja oppimiseen.
Osa limbistä systeemiä, hippokampus sijaitsee syvällä aivoissa. Hippokampus on jaettu kahteen symmetriseen sivuun aivojen vasemmalla ja oikealla puolella. Se on kääritty talamuksen ympärille, joka on toinen limbisen järjestelmän rakenne, joka sijaitsee lähellä aivojen keskustaa. Sekä hippokampuksen että talamuksen yläpuolella oleva rakenne tunnetaan corpus callosumina.
Hippokampus koostuu muutamista avainrakenteista. Sen pohjaa, joka on sen levein kohta, kutsutaan varsinaiseksi hippokampukseksi tai cornu Ammonisiksi, ja sitä ympäröi osittain toinen hippokampuksen osa, jota kutsutaan alveukseksi. Subiculum on osa hippokampusta, joka alkaa ohentua ja kaartua kohti talamuksen yläosaa. Talamuksen yläosassa istuu hippokampuksen osa, jota kutsutaan fimbriaksi. Fornix on ohuin osa hippokampusta ja myös kohta, jossa tämä rakenne liittyy talamukseen otsan takana.
Sähkötiedot kerää oikea hippokampus. Kun tieto tulee oikeaan hippokampukseen, se siirtyy toiseen hippokampuksen anatomian osaan, jota kutsutaan koroidipunokseksi. Tämä rakenne alkaa varsinaisen hippokampuksen keskellä ja seuraa spiraalia subikulumin, fimbrian ja fornixin läpi aina talamukseen.
Hippokampuksen haara on liitetty yläosaan, kun se tulee talamuksen yli. Molemmat sivut puristuvat yhteen, mutta erottuvat sitten uudelleen muodostaen yhteyden sekä talamuksen oikeaan että vasempaan lohkoon. Fornixin kahden puolen välinen yhteys tunnetaan hippocampal commissurena.
On hyödyllistä ajatella hippokampuksen anatomiaa ylösalaisin merihevosena. Itse asiassa nimi hippocampus tulee kreikan kielestä hevosta, virtahepoa ja merihirviötä, kampusta. Hippokampus on leveä ja paksu alemmalla alueella, kuten merihevosen pää. Kun se kiertyy talamuksen ympärille, se ohenee muotoon, joka näyttää samanlaiselta kuin merihevosen häntä. Kaksi tällaista ”merihevosta” kiertää talamuksen, koska hippokampuksen anatomia on symmetrinen.