Huuhtelujärjestelmä koostuu yleensä kammiosta ja jonkinlaisesta putkesta kehon ontelojen, useimmiten poskionteloiden, huuhtelemiseksi varovasti. Lääkäri voi myös käyttää huuhtelujärjestelmää keuhkojen tutkimiseen. Näissä tapauksissa neste lisätään keuhkoihin, sitten uutetaan ja tutkitaan selvittämään, millainen infektio voi olla siellä. Nenän huuhtelu, jota kutsutaan myös nenähuuhteluksi, sisältää yleensä veden johtamisen poskionteloiden läpi allergioiden lievittämiseksi tai poskiontelotulehduksen poistamiseksi. Tyypillisesti huuhtelujärjestelmän ulkonäkö ja tyyli riippuvat suurelta osin siitä, mitä kehon osaa kastellaan.
Nenän huuhtelujärjestelmä on tyypillisesti suosituin. Siinä on yleensä neti -potti, joka on pieni keraaminen kattila, joka näyttää hieman Aladdinin lampulta. Astian kammio täytetään lämpimällä suolaliuoksella ja huuhtelujärjestelmän nokka työnnetään yhden sieraimen sisään. Sitten potilas kumartuu vyötärölle ja kääntää päänsä oikealle tai vasemmalle. Jos nokka on vasemmassa sieraimessa, potilaan tulee katsoa vasemmalle ja päinvastoin. Hengittäessään suun kautta potilas kallistaa sitten verkkopannua niin, että vesi virtaa poskionteloiden läpi ja tulee ulos vastakkaisesta sieraimesta.
Kun kaikki vesi on virtautunut poskionteloiden läpi, potilaan tulee hengittää syvään nenän kautta kuivatakseen ne. Prosessi voidaan sitten toistaa toisen sieraimen kautta. Jotkut ihmiset suorittavat nenän huuhtelun päivittäin, kun taas toiset tekevät sen vain päästäkseen eroon itsepäisistä infektioista.
Huuhtelujärjestelmä, jota käytetään keuhkojen tutkimiseen, on aivan erilainen kuin sieraimien puhdistamiseen. Keuhkohuuhteluissa on yleensä joustava kumiputki, joka liukui alas keskimmäisen tuuletusputken läpi veden toimittamiseksi keuhkoihin pienen muovipussin kautta. Tässä menettelyssä käytetään vain vähän vettä. Vesi vedetään välittömästi takaisin selkään tutkittavaksi.
Muita huuhtelujärjestelmiä ovat peräruiskeet, emättimen suihkut ja korvien puhdistamiseen käytettävät järjestelmät. Termiä huuhtelu voidaan käyttää viittaamaan minkä tahansa kehon ontelon puhdistamiseen. Esimerkiksi peräaukon tai emättimen huuhtelussa on yleensä pehmeä, kapeneva suutin pitkän kumiputken päässä, jotta lisäys olisi mukavampaa. Korvien huuhtelujärjestelmissä on yleensä pienemmät putket kuin muissa järjestelmissä.