Estääkseen bakteereja, viruksia ja muita mikroskooppisia vieraita aineita, jotka tulevat kehoon, tuhoamasta sitä, ihmisen immuunijärjestelmä luo ihmisen vasta -aineen tunkeutumaan hyökkääjiin ja käynnistämään vastaus niiden tuhoamiseksi. Vasta -aine on veressä yleisesti esiintyvä proteiinityyppi, joka vastaa tiettyä tautia tai tunkeutujaa, joka tunnetaan patogeeninä. Kun henkilö sairastuu, keho tuottaa ihmisen vasta -aineen sairauden aiheuttaneelle taudille. Jos virus palaa, vasta -aine tarttuu siihen ja immuunijärjestelmä käyttää sitä signaalina tuhoamaan kaikki kehossa olevat viruspartikkelit.
Jokainen ihmisen vasta -aine sitoutuu vain yhteen tiettyyn hiukkaseseen. Aina kun keho kohtaa uuden viruksen tai muun vieraan hiukkasen, jota se pitää uhkana, kehon on luotava uusi vasta -aine vastaamaan kyseistä kohdetta. Vasta -aine on proteiinirakenne, joka on samanlainen kuin kaikki muut vasta -aineet yhtä poikkeusta lukuun ottamatta. Proteiinin loppu vaihtelee hieman vastaamaan sitä sairautta, jonka se on tarkoitus estää.
Proteiinin päätä kutsutaan hypervariaabeliksi alueeksi. Miljoonia erilaisia lajikkeita voi olla olemassa, jolloin keho voi luoda ihmisen vasta -aineen miljoonille erilaisille vieraille hiukkasille. Tämä tekee kehosta niin tehokkaan torjumaan useita sairauksia.
Hyökkääviä hiukkasia kutsutaan patogeeneiksi, mutta vasta -ainetta laukaisevan hiukkasen todellinen proteiini tunnetaan antigeeninä. Tällä antigeenillä on osa, joka tunnetaan epitooppina, joka on alue, jonka ihmisen vasta -aine tunnistaa spesifisesti. Kun vasta -aine tunnistaa ja muodostaa yhteyden taudinaiheuttajaan, se käyttää yhtä kolmesta menetelmästä patogeenin neutraloimiseksi tai tuhoamiseksi.
Neutralointi, opsonointi ja komplementin aktivointi ovat kolme tapaa tuhota taudinaiheuttaja. Neutraloinnissa vasta -aine yksinkertaisesti sitoutuu taudinaiheuttajaan ja estää sitä tekemästä mitään muuta, mikä estää viruksen leviämisen ja sen hyökkäykset. Opsonointiin kuuluu taudinaiheuttajan peittäminen erityiseen pinnoitteeseen, joka käskee kehon fagosyyttisolut tuhoamaan taudinaiheuttajan. Lopuksi, komplementaation aktivointi sallii taudinaiheuttajan sitoa tunkeutujan ja tuhota sen sitten opsonisaatiolla. Riippuen kohteen kohdasta, vasta -aine voi pystyä tuhoamaan taudinaiheuttajan yksin.
Kuten mikä tahansa kehon osa, immuunijärjestelmä ja ihmisen vasta -aineet eivät ole täydellisiä. Ongelmia ilmenee, kun vasta -aineet hyökkäävät vääriä hiukkasia huomioimatta muita. Esimerkiksi tietyt lääketieteelliset hoidot voivat laukaista kehon immuunijärjestelmän, joka sitten yrittää tuhota kehosta löytyvät hyödylliset lääkkeet. Tietyissä sairauksissa keho voi hyökätä omiin terveisiin soluihinsa aiheuttaen vahinkoa ja terveysongelmia. Sairaus voi myös toimia päinvastoin ja estää kehoa hyökkäämästä haitallisten virusten kimppuun.