Väliaikaista ileostomiaa käytetään siirtämään suolen sisältö pois suolen osasta, joka on ehkä joutunut parantumaan leikkauksen jälkeen esimerkiksi syövän poistamiseksi. Osa ohutsuolesta eli ileumista on tuotu pintaan ja avattu iholle stomana tunnetun reiän kautta, jolloin jätteet voidaan kerätä pussiin. Kun on aika yhdistää suoli takaisin yhteen, menettely vaihtelee alun perin luodun ileostomian tyypin mukaan. Yksinkertainen silmukan ileostomian poisto voi sisältää kahden suolen avoimen pään leikkaamisen iholta, ompelemalla ne takaisin yhteen ja palauttamalla ne vatsaan. Ileostomian poistaminen on monimutkaisempaa, koska sen jälkeen, kun yksi suolikappale on irrotettu stomasta, se on liitettävä vatsan sisällä olevaan suolistokappaleeseen, mikä vaatii joko vatsan viillon tai avaimenreikäleikkauksen.
Potilaille, joille on tehty silmän ileostomia, ohutsuolen silmukka vedetään ulos vatsan reiän läpi ja leikataan kahtia, jolloin kaksi leikattua päätä aukeavat avanteen kautta. Ileostomian poistomenettely voidaan suorittaa vain, kun suoli on parantunut täysin ja sulkijalihakset, jotka kontrolloivat ulosteiden poistumista kehosta, toimivat asianmukaisesti. Potilaat voivat harjoittaa harjoituksia peräaukon sulkijalihaksen sävyttämiseksi leikkausta edeltävinä viikkoina. Jotta turvotus ja arpikudos laskeutuisivat, ileostomian poistoa ei yleensä voida suorittaa ennen kuin noin yhdeksän viikkoa on kulunut alkuperäisen leikkauksen jälkeen.
Varsinaisen ileostomian poiston tekemiseen tarvitaan alle tunti, mutta sairaalassa voi olla jopa viiden päivän oleskelu. Yleensä vain nesteet ovat sallittuja leikkausta edeltävänä päivänä, eikä mitään keskiyön jälkeen. Kirurgi leikkaa ihon läpi ja alas vatsaan tehden pyöreän viillon, joka kulkee koko avanteen ympärille. Suolen molemmat päät nidotaan tai ommellaan yhteen ja asetetaan takaisin vatsaontelon sisään, vain pieni haava jää vatsaan. Toimenpiteen jälkeen on normaalia, että aluksi on vain nesteitä ja etenee hitaasti kiintoaineiksi leikkauksen jälkeisenä päivänä.
Potilaat, joille on tehty ileostomia, joutuvat tyypillisesti viettämään enemmän päiviä sairaalassa, ehkä jopa kymmenen, ja toipuminen kestää yleensä kauemmin. Ileostomian poistoleikkaus voi sisältää vatsan viillon avaamisen uudelleen alkuperäisestä leikkauksesta suoliston toiseen päähän. Tämä voidaan sitten liittää suolen toiseen päähän, joka on irrotettu stomasta. Joskus ileostomia voidaan peruuttaa käyttämällä laparoskooppisia tai avaimenreikäisiä leikkaustekniikoita.