Useimmilla korkeammilla organismeilla on joitain keinoja aktivoida immuunijärjestelmänsä puolustaakseen hyökkääviä organismeja vastaan. Immunokompetenssi on termi, joka viittaa tähän aktivointiprosessiin. Tarkemmin sanottuna se koskee tapaa, jolla immuunijärjestelmä tunnistaa vieraita esineitä merkitseviä molekyylejä, joita kutsutaan antigeeneiksi, ja luo niihin asianmukaiset vastaukset. Tämä prosessi sisältää yleensä joko humoraalisen tai soluvälitteisen vasteen, joka käyttää erityyppisiä immuunisoluja.
Humoraalinen immuunikompetenssi käyttää vasta -aineita vieraiden hiukkasten tunnistamiseen. Vasta -aineita on kaikkialla ihmiskehossa ja ne sisältävät alueita, jotka voivat sitoutua antigeeneihin, jotka ovat yleensä proteiineja, jotka eivät ole osa kehon omia soluja. Antigeenin sitomisen jälkeen läheiset tai kiinnittyneet immuunijärjestelmän solut, kuten B-lymfosyytit tai plasmasolut, voivat hyökätä suoraan hyökkääjään. Ne voivat myös vapauttaa muita kemiallisia viestejä, jotka aiheuttavat muiden immuunisolujen tulevan alueelle auttamaan vasteessa.
Soluvälitteiseen immunokompetenssiin liittyy hieman erilainen prosessi. Tämä vasteen muoto käyttää sytotoksisia tai auttaja-T-lymfosyyttejä. Jokaisen T-lymfosyyttityypin pinnalla on proteiineja, jotka voivat tunnistaa solut, jotka ovat tulleet sairaustilaan, kuten virusinfektion tai syövän vuoksi. Sytotoksiset T-lymfosyytit tuhoavat infektoituneen solun. Toisaalta auttaja-T-lymfosyytit vapauttavat yhdisteitä, jotka tuottavat immuunivasteen, lisäävät verenkiertoa alueelle, rekrytoivat muita immuunisoluja ja aiheuttavat tulehdusta.
Oikea ravitsemus voi olla elintärkeää yksilön kyvylle ylläpitää immuunikompetenssia. Ihmiset, jotka eivät esimerkiksi saa riittävästi D-vitamiinia, voivat heikentyä immuunijärjestelmässä, ja heillä on paljon todennäköisempää kehittää monenlaisia sairauksia syövästä tartuntatauteihin. Autoimmuunisairaudet, joissa kehon immuunijärjestelmä hyökkää epäasianmukaisesti omaan kudokseensa, voivat kehittyä myös immuunikompetentteilla ihmisillä.
Jotkin ulkoiset olosuhteet voivat vaarantaa yksilöiden immuunikompetenssin. Ihmisen immuunikatovirus (HIV) hyökkää ja tartuttaa valikoivasti immuunisoluja niin, että ne eivät pysty saamaan aikaan oikeita vasteita vieraille organismeille, mikä voi johtaa kuolemaan olosuhteissa, jotka olisivat suhteellisen lieviä terveillä yksilöillä. Siirtopotilaat voivat ottaa lääkkeitä immuunivasteen vaimentamiseksi estämään immuunijärjestelmää hyökkäämästä kehoon sijoitetun vieraan kudoksen kimppuun. Tämäntyyppisiä lääkkeitä käyttäviä ihmisiä voidaan luonnehtia immuunipuutteisiksi, koska heidän lymfosyytit ja muut immuunisolut eivät ehkä kykene käynnistämään täydellistä vastetta tunnistettuaan antigeenin.