Toisin kuin muut Iowan symbolit, kuten valtion sinetti ja kukka, Iowan osavaltion lippu nimettiin vasta 20 -luvulla. Alle 20 vuotta sen jälkeen, kun Iowa liittyi unioniin, käytiin Yhdysvaltain sisällissota, jonka jälkeen osavaltion kansalaiset kokivat kansallisen lipun tarpeelliseksi. Lippu suunniteltiin vuonna 1917 vastauksena kansalliskaartin jäsenten pyyntöihin saada tunnus heitä edustamaan. Lyhyen ajan käytön jälkeen tähän tarkoitukseen valtion lippu hyväksyttiin virallisesti valtion yleiskokouksessa vuonna 1921.
Iowa liittyi unioniin 29. osavaltiona vuonna 1846. Vuosien 1917 välisenä aikana useat ryhmät olivat vaatineet lippua valtion edustamiseksi. Häiritsevät ajattelivat kuitenkin, että Iowan osavaltion lipun nimeäminen minimoisi Yhdysvaltain kansallisen lipun merkityksen. Tämä tunne oli erityisen näkyvä sisällissodan jälkeisinä vuosina, kun kansakunta yhdistettiin uudelleen ja Iowans ei halunnut antaa vaikutelmaa erottumisesta unionista.
Vuonna 1917 Iowan kansalliskaartin yksiköt liittyivät muiden valtioiden yksiköihin Yhdysvaltain ja Meksikon välisellä rajalla. Vartijat huomauttivat, että muilla rykmentteillä oli valtion liput edustamaan heitä, ja he ilmaisivat haluavansa oman lipun. Kuvernööri William L.Harding pyysi Iowan osavaltion lipun suunnittelua, hankkeen, jonka toteuttivat Yhdysvaltain vallankumouksen tyttäret (DAR). DAR -jäsen ja Knoxville, Iowa, asukas Dixie Cornell Gebhardt oli vastuussa lipun lopullisesta ulkonäöstä.
Gebhardt valitsi Iowan osavaltion lipulle kolmivärisen taustan, jossa oli samankokoiset pystysuuntaiset raidat sinistä, valkoista ja punaista. Tämä värimaailma oli nyökkäys valtion ranskalaiselle taustalle, jonka Yhdysvallat osti osana Louisiana -ostosta Ranskasta. Värillä on myös erillinen merkitys, sininen tarkoittaa oikeutta, uskollisuutta ja totuutta, valkoinen symboloi puhtautta ja punainen edustaa rohkeutta.
Siniset ja punaiset raidat ovat kiinteitä, ilman mitään malleja. Valkoinen raita sisältää kotkan, Yhdysvaltain kansallisen linnun, joka kantaa sinisiä lippuja nokassaan. Näissä bannereissa on Iowan osavaltion motto: “Vapautemme arvostamme ja oikeuksemme säilymme.” Yhdistämällä kansallisen symbolin valtion mottoon Gebhardt pyrki osoittamaan, että Iowa oli osa Yhdysvaltoja, ei erillinen kokonaisuus. Iowan osavaltion lipun viimeinen piirre on valtion nimi punaisilla isoilla kirjaimilla kotkan alla.
Sen jälkeen kun Iowanin kansalliskaartit käyttivät lippua ensimmäisen maailmansodan aikana, valtio hyväksyi sen virallisesti Iowan osavaltion lipuksi 29. maaliskuuta 1921. Valtion määräykset säätelevät lipun oikeaa kokoa ja esitystä, mukaan lukien säännös, jonka mukaan kaikki osavaltion koulut lipun on oltava joka koulupäivä. Yhdysvaltain lippukoodissa esitetään ohjeet kansallisen lipun kanssa näyttämiseen.