Itsenäinen apteekki on yksityisomistajan tai pienyritysten omistajien ryhmän omistuksessa ja ylläpitämässä. Tämäntyyppinen apteekki ei yleensä liity vähittäiskauppaketjuun tai -brändiin, ellei se ole franchising -paikka. Omistajat ja operaattorit harjoittavat liiketoimintaa itse ja heidän on suunniteltava omat markkinointi- ja asiakaspalvelustrategiansa. Jotkut riippumattomat apteekit voivat kuulua kansalliseen tai paikalliseen organisaatioon, joka auttaa heitä varmistamaan alennushinnat tavaroille ja hyödyntämään virtaviivaistettua jakeluverkostoa.
Ensisijainen ero itsenäisen apteekin ja vähittäiskauppaketjuun kuuluvan apteekin välillä on se, että yksittäinen henkilö tai pieni ryhmä yksilöitä johtaa liiketoimintaa. Sen sijaan, että riippumaton apteekki saisi ohjeita yrityksen toimistolta tai taatusta palkasta, hän ottaa yrityksen omistamiseen liittyvät taloudelliset ja johtotehtävät. Se on samanlainen kuin itsenäisen ruokakaupan, vakuutustoimiston tai koiranhoitopalvelun omistaminen. Voidakseen voittoa ja ylläpitääkseen toimintaa proviisorin on yleensä suunniteltava liiketoimintasuunnitelma, joka hallitsee kulut ja tuottaa riittävät tulot.
Riippumattoman apteekin henkilökunta palkataan ja sitä johtaa yleensä omistaja. Usein omistaja työskentelee pidempään kuin henkilökunta, varsinkin apteekin olemassaolon alkuvaiheessa. Omistajien on päätettävä, kuinka monta henkilöstöä yrityksellä on varaa, sekä heidän aikataulunsa, palkkansa ja työntekijöiden etuuspaketinsa. Jotkut operaattorit ostavat olemassa olevan yrityksen toiselta omistajalta, aloittavat oman sijaintinsa tai ostavat franchising -sijainnin vakiintuneella tuotenimellä.
Kulut ja tarvikkeiden tilaukset hoidetaan yleensä myös riippumattoman apteekin omistajan toimesta. Esimerkiksi kaikki tarvittavat laitteet, mukaan lukien kassakoneet ja jakeluautot, ostaa ja ylläpitää yrityksen omistaja. Joissakin maissa on kansallisia järjestöjä, joihin riippumattomat apteekit voivat liittyä helpottaakseen neuvotteluja vakuutusyhtiöiden ja reseptilääkkeiden toimittajien kanssa. Nämä järjestöt ylläpitävät tyypillisesti suurta jakeluverkostoa, joka toimittaa tilatut tuotteet riippumattomiin paikkoihin, mikä voi jäljitellä suuremman yrityksen sisäistä jakelua.
Riippumattoman apteekin omistaja vastaa myös myynninedistämis- ja asiakaspalvelustrategioiden kehittämisestä. Palvelun osalta omistaja tyypillisesti päättää, miten sijainti erottuu vähittäiskauppaketjun kilpailijoistaan. Suurempi personointi on yleinen asiakaspalvelustrategia, sillä myynninedistämisbudjetit voivat olla tiukat pienyrityksen omistajalle. Yksi omistajan tärkeimmistä eduista on kyky toteuttaa omat ideansa ja lopulta määrittää oma työaikataulunsa.