Yhdysvalloissa National Animal Identification System on ohjelma, jonka tarkoituksena on seurata useita erilaisia eläimiä, joista osa on tarkoitettu myytäväksi elintarvikkeina kaupallisesti ja osa ei. Tarkkaan ottaen ohjelma on vapaaehtoinen. Monet hallituksen ohjelmat ja eräät maatilojen tuet ovat kuitenkin sidoksissa ohjelmaan osallistumiseen, minkä vuoksi karjankasvattajien on vaikea olla osallistumatta jossakin vaiheessa.
Kansallisen eläinten tunnistusjärjestelmän päätavoite on mahdollistaa eläinten seuranta taudin puhkeamisen yhteydessä. Tällaisissa tapauksissa sen määrittäminen, mistä eläimet ovat peräisin, voi olla kriittisen tärkeää sen määrittämiseksi, mihin muihin eläimiin se voi vaikuttaa. Joissakin tapauksissa tämä voi vaikuttaa koko elintarviketarjontaan.
Taudinpurkauksen sattuessa terveysviranomaisten on tiedettävä kolme kriittistä tietoa. Ensimmäinen on se, mitkä eläimet ovat saaneet tartunnan tai osallistuneet taudinpurkaukseen. Toinen on tartunnan saaneiden eläinten sijainti. Kolmas on se, mitä muut eläimet ovat saattaneet altistaa taudille. Kansallinen eläinten tunnistusjärjestelmä auttaisi tunnistamaan kaikki nämä kolme tietoa.
Yksi kansallisen eläinten tunnistusjärjestelmän tärkeimmistä ominaisuuksista on sen eläinten seuranta järjestelmässä. Aina kun eläin myydään tai siirretään, kansallinen eläinten tunnistusjärjestelmä merkitsee sen muistiin. Jossain vaiheessa näitä tietoja voidaan käyttää pakkausmerkinnöissä, jotta kaikki kuluttajat tietävät, missä liha oli missäkin prosessin vaiheessa, sekä elossa että teurastamisen jälkeen.
Kansallista eläinten tunnistusjärjestelmää koskeva kritiikki keskittyy jäljitettäviin eläintyyppeihin sekä yritysten ja pienempien perhetilojen väliseen kaksoisstandardiin. Osallistujat voivat joutua merkitsemään kaikki kotieläimet. Suuremmat tilat voivat kuitenkin tunnistaa eläimensä kokonaisuutena, ei erikseen, mikä voi tarjota heille etuja. Lisäksi kaikkien suurten kotieläinten, myös niiden, joita ei käytetä ruokaan, olisi oltava ohjelmassa, mikä lisäisi ohjelmaan lisäkustannuksia.
Lisäksi kansallista eläinten tunnistusjärjestelmää vastustavat sanovat, että se vain lisää elintarvikekustannuksia ja hallituksen byrokratiaa. Vaikka se voi tehdä ruokajärjestelmästä turvallisemman, jokaisen eläimen tunnistamiseen liittyvät maksut siirretään kuluttajalle, kriitikot sanovat. He väittävät, että tämä vahingoittaa vain Yhdysvaltain elintarviketeollisuutta ja vaikeuttaa kilpailua ulkomailla. Jotkut ulkomaiset markkinat vaativat kuitenkin tunnistusjärjestelmän, jossa kerrotaan yksityiskohtaisesti jokainen liike, koska se pelkää nautaeläinten spongiformista aivotulehdusta, joka tunnetaan nimellä hullun lehmän tauti, ja muita yleisiä eläintauteja.