Kirjanpitomenetelmiä on kaksi: kassaperusteinen ja suoriteperusteinen. Kassapohjaista menetelmää käyttäen tulot ja kulut kirjataan rahanvaihtohetkellä riippumatta siitä, milloin tulot ansaittiin tai velka syntyi. Suoriteperusteisessa menetelmässä tulot ja velat kirjataan ansainta- tai syntymisajankohtana riippumatta siitä, milloin ne maksetaan. Jotkut pienyritykset voivat myös käyttää hybridimuotoa, joka yhdistää nämä kaksi menetelmää.
Useimmat itsenäiset ammatinharjoittajat ja yhtiöittämättömät pienyritykset käyttävät käteisperustaa yksinkertaisuuden vuoksi. Jos urakoitsija lopettaa työn 20. joulukuuta, mutta saa palkan vasta 20. tammikuuta, hän sisällyttää tammikuun tulot. Taseselvityksen ja veroilmoituksen laatiminen on suhteellisen yksinkertaista, koska hänen on vain tarkasteltava talletuksiaan ja maksamiaan laskujaan määrittääkseen vuoden voiton tai tappion. Jos joku ei maksa sitä, mitä hän on velkaa hänelle, hänen ei tarvitse oikaista seuraavan vuoden tasea huonon velan vähennyksellä, koska hän ei ollut koskaan sisällyttänyt velkojaan tileilleen. Vaikka tämä menetelmä ei anna tarkkaa kuvaa kuukausikustannuksista ja kannattavuudesta, se antaa henkilölle tietää tarkalleen, kuinka paljon rahaa hänellä on aina käsillä.
Suoriteperusteinen menetelmä voi olla hieman vaikeampi, mutta yleisesti hyväksytyt kirjanpitoperiaatteet edellyttävät, että kaikki yritykset käyttävät suoriteperusteista menetelmää. Menot ja tulot kirjataan niiden syntymis- tai ansaintahetkellä. Jos esimerkiksi rakennusprojektin puutavara toimitetaan heinäkuussa, kulut kirjataan heinäkuussa, vaikka lasku maksettaisiin vasta elokuussa tai myöhemmin. Jos hanke valmistuu joulukuussa, mutta sopimuksen ehtojen mukaan asiakas voi viivästyttää maksua 30 päivää, hankkeen tulot lasketaan joulukuussa ja sisällytetään kyseisen vuoden veroilmoitukseen edellyttäen, että yritys käyttää kalenterivuotta sen tilikautena.
Myös muut velat, jotka voidaan maksaa neljännesvuosittain, kohdistetaan tileille kullekin vastuuvuoden kuukaudelle suoriteperusteisesti, eikä vain velan maksamisen yhteydessä. Jos esimerkiksi yritys maksaa vuosittain 1200 dollarin (USD) vakuutusmaksun omaisuusvakuutuksesta, luodaan tili, joka kirjaa 100 dollarin vakuutusmenot joka kuukausi. Tällä tavalla suoriteperusteisen menetelmän etuna on se, että se antaa paljon tarkemman kuvan kuukausittaisista käyttökustannuksista kuin käteismenetelmä. Suoriteperusteiseen kirjanpitoon perustuva vuosittainen tuloslaskelma antaa myös tarkemman kuvan organisaation kokonaiskannattavuudesta.
Jokaisella kirjanpitomenetelmällä on joitain haittoja, eikä suoritusmenetelmä ole erilainen. Yritys voi näyttää paperilla erittäin hyvältä ja silti olla käteisellä köyhä ja velkojensa takana, varsinkin jos asiakkaat eivät enää maksa laskujaan ajoissa. Suoritusmenetelmä olettaa, että kaikki tilit ovat hyvässä asemassa, mutta jos asiakas on maksukyvytön tai maksukyvytön, yritys ei välttämättä pysty myöskään maksamaan velkojaan. Jos asiakas laiminlyö velkansa, yrityksen on laskettava ja kirjattava huonon velan vähennys korjatakseen tiedot ja saadakseen takaisin kaikki verot tuloista, joita ei koskaan saatu.