Monien hallitusten, etenkin Yhdysvaltojen, käyttämä etanolin käyttö on aiheuttanut paljon kiistoja. Yhdysvalloissa, joissa miljardeja dollareita veronmaksajien rahoja käytetään etanolituisiin, kiista on tullut erityisen ankaraksi, ja sen taustalla on useita syitä. Monet alkavat riidellä siitä, onko etanoli, erityisesti maissin etanoli, todella yhtä ihmeellistä kuin ihmiset väittävät.
Jotkut taloustieteilijät väittävät, että kun tuotteella on luontaisia ansioita, ihmiset maksavat siitä, jolloin tuet ovat tarpeettomia. Etanolin tuotannon tukeminen maksaa veronmaksajille rahaa, vaikkakin välillisesti, ja se pitää hinnat keinotekoisesti alhaisina sen sijaan, että ne saisivat määritettyä käyvän markkina -arvon. Taloustieteilijät, jotka haluavat kestävän energian yleisemmän edistämisen, väittävät myös, että etanolituet vievät rahoitusta muilta kestävän energian lähteiltä, mukaan lukien puhtaammat, tehokkaammat ja helpommin hankittavat lähteet kuin etanoli.
Etanolituet voivat myös vaikuttaa elintarvikkeiden hintojen nousuun ja meneillään olevaan elintarvike -polttoaine -keskusteluun. Väite perustuu siihen, että viljelijöille elintarvikkeiden tuottaminen maksaa enemmän, koska näitä viljelykasveja tuetaan vähemmän ja ne siirtävät hinnat kuluttajille. Tämän väitteen mukaan elintarvikkeiden tarjontaa vähentävät myös etanolituet, koska maanviljelijöillä on kannustin viljellä satoa etanolille, joten he ohjaavat viljelykasveja aiemmin käyttäneet pellot maissinviljelyyn. Tarjonnan väheneminen voi aiheuttaa hintojen nousua ja joissakin tapauksissa jopa pulaa.
Etanoli itsessään on kyseenalainen polttoaine. Se vaatii erityiskäsittelyä, mukaan lukien ainutlaatuisesti muotoiltua bensiiniä polttoaineseoksiin, ja erityisiä kuljetusmenettelyjä, jotka voivat tehdä siitä kalliin. Se ei myöskään polta kauhean puhtaasti, ja se on vähemmän energiatehokas kuin bensiini, mikä tarkoittaa, että etanolilla tai etanoli/bensiiniseoksella toimivalla autolla on pienempi kilometrimäärä. Lisäksi etanolin tuotanto itsessään ei ole kovin energiatehokasta, ja joissakin tapauksissa polttoaineen valmistus ja kuljetus voivat maksaa enemmän energiaa kuin se tuottaa.
Etanolituen arvostelijat väittävät, että valtion varojen tulisi keskittyä todella uusiutuvien, innovatiivisten energialähteiden edistämiseen sen sijaan, että ne käytettäisiin kyseenalaiseen polttoaineeseen. Tämän väitteen mukaan etanolituen säilyttäminen on tuhlausta. Rahastojen kohdentamisen valitseminen näyttäisi olevan hyödyllisempää pitkällä aikavälillä, vaikka uudemmat tekniikat eivät heti onnistu.