Kirkon säätiö rahoittaa ministeriötä tuloja ansaitsevilla varoilla ikuisesti. Kirkot rakentavat lahjoituksen pääkomponentin testamenttien, apurahojen ja lahjoitusten avulla. He voivat nimetä henkilöstöä hallitsemaan sitä tai voivat tehdä sopimuksen kokeneen sijoituspäällikön kanssa. Seurakunnat voivat odottaa tilivelvollisuutta määräaikaisten raporttien muodossa varojen tilasta ja sen käytöstä, jotta varoja voidaan käsitellä vastuullisesti.
Perinteisessä kirkon säätiössä kaikkea, mikä menee päämieheen, ei saa koskea, mikä sallii rahaston koon kasvavan ajan myötä. Mahdolliset nostot tulevat sijoitustoiminnan tuloista, eivätkä ne siis tyhjennä sijoitustoimintaan käytettävissä olevaa pääomaa tai omaisuutta. Rahastoa voidaan rajoittaa tiettyihin tarkoituksiin, erityisesti jos kyseessä on suuri testamentti, joka voidaan antaa rahoittamaan toimintaa, kuten kirkon korjaustöitä. Muissa tapauksissa kirkon virkamiehet voivat päättää rahankäytöstä, ja heillä voi olla tehtävänkuva ja periaatteet, joita käytetään päätösten tekemisessä.
Tämäntyyppiselle organisaatiolle ominaisen kirkon varojen kanssa voi syntyä useita johtamiskysymyksiä. Ensimmäinen voi olla painostus investoida sosiaalisesti vastuullisella tavalla. Kirkot eivät ehkä halua investoida talouden aloille, joiden he katsovat olevan haitallisia, kuten aseiden valmistajia tai saastuttavia yrityksiä. Myös huolenaihe kirkon pitkäikäisyydestä voi olla ongelma, sillä ihmiset voivat keskustella siitä, miten lahjoitus tulisi käsitellä, jos kirkko hajoaa.
Varojen asianmukainen käyttö voi myös herättää keskustelua. Rahat kirkon säätiöstä voivat maksaa henkilöstölle, korvata instrumentit ja vaatteet ja rahoittaa toimintaa, kuten rakennusten korjauksia ja tarvikkeiden ostamista. Jotkut kirkot käyttävät rahojaan yhteisön toimintaan ja voivat tarjota stipendejä, ruoka -apua ja muita etuja seurakunnan tai suuremman yhteisön jäsenille. Kirkon varojen käyttö voi riippua rahaston koosta, koska kirkot haluavat olla varmoja, että heillä on tuloja saatavilla, kun he tarvitsevat sitä hätätilanteissa.
Verolakien mukaan kirkot voivat saada erityiskohtelua voittoa tavoittelemattomien ja uskonnollisten tehtäviensä vuoksi. Välttääkseen sääntöjen rikkomisen kirkko voi työskennellä kirjanpitäjän ja asianajajan kanssa perustaakseen kirkon säätiön ja hoitamaan sitä asianmukaisesti. Esimerkiksi kirkkoja saatetaan kieltää osallistumasta poliittisiin lahjoituksiin, ja siksi niiden on dokumentoitava menot varmistaakseen, että varoista saatuja tuloja ei käytetty kampanjoiden rahoittamiseen.