Kliininen keuhkokuume on tapa luokitella keuhkokuume sen perusteella, kuinka kauan henkilö on ollut keuhkokuumeessa ja kuinka hän sairastui tautiin. Koska keuhkokuumeeseen liittyy monia biologisia ja ei-biologisia syitä, tämä luokitusjärjestelmä on välttämätön, jotta potilas voi aloittaa hoidon mahdollisimman pian. Kun keuhkokuume on luokiteltu akuutiksi tai krooniseksi, lääkäri päättää, onko se yhteisössä hankittu vai sairaalassa hankittu. Koska keuhkokuumeen syy voi jäädä näiden valintojen ulkopuolelle, virheellisten diagnoosien ongelma kasvaa.
Ongelma keuhkokuumeen diagnosoinnissa on se, että itse tila, keuhkokudoksen tulehdus ja keuhkojen täyttyminen nesteellä voivat johtua loisista, sienistä, bakteereista tai ympäristöolosuhteista, kuten pölystä. Koska keuhkokuume voi nopeasti muuttua hengenvaaralliseksi, on välttämätöntä, että lääkärit lähestyvät järjestelmällisesti perussyyn diagnosointia. Tutkimalla kliinisiä ominaisuuksia, miten ja milloin keuhkokuume ilmenee, lääkäri voi diagnosoida kliinisen keuhkokuumeen. Jos esimerkiksi kliininen diagnoosi paljastaa, että potilaan keuhkokuume johtuu todennäköisesti bakteerista, potilaalle annetaan laajakirjoisia antibiootteja. Jos antibiootit ovat tehottomia, lääkärin on muutettava kliinistä diagnoosiaan.
Ensimmäinen vaihe, jonka lääkäri tekee kliinisen keuhkokuumeen diagnosoinnissa, on sen määrittäminen, onko keuhkokuume akuutti vai krooninen. Potilaalla, jolla oli akuutti keuhkokuume, sairaus kehittyi kolmen viikon kuluessa ennen kuin hän kävi lääkärin luona. Krooninen keuhkokuume on sairaus, joka on kestänyt pidempään. Ero on tärkeä, koska jos lääkäri voi määrittää, onko keuhkokuume akuutti vai krooninen, hän voi merkittävästi kaventaa luetteloa mahdollisista syistä. Ennen hoidon aloittamista on vielä tiedettävä, mistä potilas on saanut keuhkokuumeen.
Yhteisön hankittu ja sairaalassa hankittu kliininen keuhkokuume ovat kaksi vaihtoehtoa, joita lääkäri harkitsee ennen potilaan hoitoa. Yhteisön hankinta kaventaa syiden luettelon tiettyihin bakteeri- ja virussarjoihin. Se on yleisin tyyppi. Sairaalassa hankittuja harkitaan vain, jos potilas oli äskettäin sairaalassa tai jos keuhkokuume kehittyi sairaalassa olon aikana. Ryhmä bakteereja, mukaan lukien MRSA, aiheuttaa sairaalassa hankitun kliinisen keuhkokuumeen.
Vaikka keuhkokuumeen kliininen diagnosointi sallii yleensä hoidon aloittamisen aikaisemmin ja säästää enemmän ihmishenkiä, kemiallisen tai ei-biologisen tekijän aiheuttama kliinisen keuhkokuumeen virheellinen diagnoosi on todellinen mahdollisuus. Raskas pöly ja jotkut aerosolikemikaalit aiheuttavat samoja oireita kuin virus- tai bakteeri -keuhkokuume. Potilas voi saada väärää hoitoa, kun hänen tilansa pahenee. Myös uusien keuhkokuumeita aiheuttavien virusten, kuten SARS: n, lisääntyminen saa lääkärit harkitsemaan uudelleen kliinisen diagnoosin yleistä tehokkuutta.