Kontrolloitu koe on sellainen, jossa muuttujia valvotaan tiukasti, ja tyypillisesti yhtä tai useampaa muuttujaa muutetaan tai “manipuloidaan”, kun kaikki muut muuttujat pysyvät samana. Tämä on yksi monenlaisten tieteellisten tutkimusten tunnusmerkeistä. Kun hypoteesia testataan, sitä ei testata yhtä tehokkaasti, jos on olemassa useita muuttujia, jotka voivat vaikuttaa tulokseen. Yrittämällä luoda ympäristö, jossa suurin osa muuttujista poistetaan, voidaan tehdä testituloksista uskottavampia.
Jos joku haluaisi tutkia kasvien reaktiota tietyntyyppiseen ääneen, olisi olemassa tapa luoda hallittu kokeilu ja tapoja menettää hallinta nopeasti. Henkilö voi saada kuusi kasvia ja sijoittaa kukin eri talon alueelle. Sitten hän saattoi altistaa kasvit äänelle eri vuorokaudenaikoina. On helppo nähdä, kuinka monta muuttujaa pelissä on: kasvit eivät ole samassa paikassa, ääntä ei toisteta samaan aikaan päivästä, eivätkä kasvit välttämättä ole edes samaa lajia.
Voidakseen hallita tätä kokeilua paremmin tutkija voisi tehdä useita asioita. Hän pystyi ostamaan suunnilleen samankokoisen kasvin ja ehdottomasti saman kasvilajin sekä pitämään kaikki kasvit samassa paikassa. Tämä tarkoittaisi sitä, että muut tekijät, kuten erilainen valolle altistuminen, eivät vahingoita tuloksia. Sama ääni pitäisi soittaa myös täsmälleen samaan aikaan.
Pohjimmiltaan tavoitteena olisi tehdä kaikesta mahdollisimman samanlainen ennen testauksen aloittamista. Tämän avulla tutkija voi manipuloida yhtä muuttujaa – altistumista äänelle – määrittääkseen sen vaikutuksen kasveihin. Samalla kokeessa on tarkasteltava kasvien käyttäytymistä ilman altistumista äänelle.
Siksi ensimmäisen ryhmän mahdollisimman samankaltaisia kasveja on pidettävä lähes identtisessä ympäristössä. Tällä tavoin on olemassa vertailukohta kasvien käyttäytymiseen, kun se altistuu äänelle, ja kasvien käyttäytymiselle, kun se ei ole. Toista ryhmää, joka ei ole alttiina manipuloidulle muuttujalle, kutsutaan usein kontrolliryhmäksi.
Kontrolloidun kokeen suorittaminen voi olla hyvin vaikeaa, koska muuttuja on helppo jättää huomiotta eikä sitä voida hallita. Erityisen haastavaa on yrittää tutkia vastauksia ihmisillä tällä tavalla. Ihmiset ovat vaihtelevia: he ovat erikokoisia, niillä on erilaiset geneettiset markkerit ja he käyttävät monenlaisia käyttäytymismalleja. Huumetutkimusten kaltaisten asioiden tutkijoiden on ehkä etsittävä ihmisiä, joilla on samankaltaisia ikää, terveysprofiilia ja monia muita alueita, jotta tulokset eivät vioitu. Heidän on myös löydettävä samanlainen ihmisryhmä, joka toimii kontrolliryhmänä eikä saa lääkettä tai manipuloitua muuttujaa.