Kromofori on molekyylissä olevien atomien ryhmä, joka on vastuussa molekyylin väristä. Kromoforeja löytyy monenlaisista molekyyleistä, ja ne voivat toimia useilla eri tavoilla. Atomiryhmiä molekyylin sisällä, jotka vaikuttavat jollakin tavalla sen ominaisuuksiin, tunnetaan myös osina tai funktionaalisina ryhminä; kromofori lisää väriä molekyyliin asianomaisten atomien luonteen ja niiden toisiinsa sitoutumisen vuoksi.
Atomien väliset sidokset kromoforissa mahdollistavat atomien absorboida jonkin verran näkyvää valoa heijastaen samalla muuta näkyvää valoa, antaen väriä molekyylille. Joissakin tapauksissa atomit voivat muodostaa parin muiden kanssa niin, että kromofori pystyy itse asiassa lähettämään näkyvää valoa. Värin luonne voi vaihdella riippuen absorboiduista ja heijastuneista aallonpituuksista ja monista muista tekijöistä, mukaan lukien ympäristötekijät, kuten sameus, joka voi peittää värin.
Nämä erikoistuneet osat ovat läsnä myös solujen sisällä olevissa atomeissa, joilla on väriin liittyvä tehtävä, mukaan lukien valopigmentit ja kromatoforit. Valopigmenteissä kromoforit ja opsiinit sitoutuvat ja reagoivat valoon. Nämä pigmentit voivat reagoida tai kaapata valoa muuttamalla muotoaan. Klassinen esimerkki valopigmentistä löytyy ihmissilmästä, jossa herkistyneet solut reagoivat näkyvään valoon ja muodostavat kuvan näkyvästä maailmasta.
Pigmentit, väriaineet, tahrat ja muut väriaineet sisältävät kaikki kromoforeja. Tässä tapauksessa väriainetta käytetään joko tyydyttämään tai päällystämään materiaali siten, että se ottaa värin värin. Kuten ihmiset ovat saattaneet huomata käsityöprojektien aikana, värit voivat olla epätasaisia huonon jakautumisen, epätasaisen imeytymisen värjättyyn materiaaliin ja muiden tekijöiden seurauksena. Luonnolliset värivaihtelut voidaan nähdä myös monissa eläimissä, joissa kromoforeja sisältäviä soluja muutetaan tai niiden ei sallita muodostua, mikä muuttaa väriominaisuuksien esitystapaa.
Tutkijat ovat joskus kiinnostuneita kromoforien tunnistamisesta, koska ne voivat tarjota mielenkiintoista tietoa ja näkemyksiä tutkittavista molekyyleistä. Värillä voi usein olla rooli molekyylin toiminnassa. Eri tekniikoilla voidaan tunnistaa molekyylin väristä vastaava osa ja nähdä sen toiminta. Näitä rakenteita käytetään myös yleisesti spektrometrian aikana, jossa näytteen tiedot kerätään altistamalla se säteilylle, mukaan lukien näkyvä valo, ja näkemällä, miten se reagoi.