Kuudes chakra, joka tunnetaan sanskritissa ajna, kutsutaan usein yleisesti kolmannen silmän chakraksi, ja sen sanotaan löytyvän otsasta, suoraan nenän yläpuolelta. Kundalinia ja muita joogamuotoja harjoittavien ihmisten mukaan tämä chakra on kehon henkisten energioiden keskus, joka liittyy tarkkaan havaintoon, ymmärrykseen ja mielenterveyteen. Kuudennen chakran energioiden sanotaan vaikuttavan silmiin, aivoihin, käpy- ja aivolisäkkeisiin. Tämän chakran epätasapainon tai tukoksen uskotaan johtavan migreeniin, näön menetykseen, epämiellyttäviin uniin ja silmien rasittumiseen. Joogataiteen harrastajat uskovat, että positiivinen ajattelu, mantrien laulaminen ja käänteisten ja tasapainoiseen jooga-asentojen suorittaminen voivat poistaa tukokset kuudennesta chakrasta ja tasapainottaa sen energiaa.
Kuudennen chakran energioilla sanotaan olevan voimakas vaikutus mieleen ja laajemmin endokriiniseen järjestelmään. Joogan harjoittajat uskovat usein, että mieli ja keho ovat luontaisesti yhteydessä toisiinsa, joten henkisellä tilalla voi olla voimaa vaikuttaa fyysiseen tilaan. Näiden uskomusten mukaan positiivista ajattelua ja rauhallista, hallittua mieltä harjoittava henkilö voi todennäköisemmin nauttia hyvästä fyysisestä terveydestä.
Kolmannen silmän chakran uskotaan olevan vastuussa kyvystä havaita ja ymmärtää todellisuus. Kolmannen silmän chakran häiriöiden uskotaan aiheuttavan häiriöitä havainnossa ja irtautumista todellisuudesta. Negatiivisten ajatusten ja tunteiden, kuten pelon, uskotaan johtuvan kuudennen chakran energiatasapainon häiriöistä.
Monet joogan harjoittajat uskovat, että oikea asento on elintärkeä kuudennen chakran puhdistamisessa ja sen energioiden tasapainottamisessa. Sopimattoman asennon, jossa pään annetaan päästä eteenpäin, uskotaan edistävän kolmannen silmän chakran tukkeutumista. Positiivisten ajatusten ja uskomusten viljelemisen sanotaan myös olevan erittäin hyödyllistä kolmannen silmän chakran asianmukaisen toiminnan kannalta. Vahvistusten ja mantrojen, joissa käytetään juuriääntä “om”, sanotaan olevan hyödyllisiä kolmannen silmän chakran energioiden keskittämisessä.
Ihmiset, jotka harjoittavat hathajoogaa, uskovat tyypillisesti, että tasapainoon suuntautuneet jooga-asennot voivat hyödyttää kolmannen silmän chakraa. Asentojen, kuten tanssijan aseman, uskotaan auttavan rauhoittamaan ja keskittymään mieleen. Käänteisten asentojen, kuten pitäisi ymmärtää, uskotaan myös rauhoittavan mielen ja hyödyttävän kolmannen silmän chakraa.