Lentoyhtiön tyypillinen organisaatiorakenne sisältää todennäköisesti useita johtotasoja. Se voi ulottua myös liiketoiminta -alueisiin, jotka liittyvät toisiinsa mutta ylittävät perinteiset lentoyhtiöpalvelut. Lentoyhtiö voidaan erottaa esimerkiksi myynnistä ja lentotoiminnasta, ja näiden divisioonien johtajat voivat osallistua ja kommunikoida tehokkaamman liiketoiminnan luomiseksi. Minkä tahansa alueen lentoyhtiöiden tulee tukea alan liittovaltion standardien noudattamista. On myös mahdollista, että tyypillinen organisaatiorakenne kehittyy alan muuttuvien tarpeiden mukaan.
Lentoyhtiön hierarkkiset rakenteet voivat muuttua yhä monimutkaisemmiksi organisaation laajentuessa. Laajentuminen voi johtua toimialan yhdentymisestä, jossa yksi lentoyhtiö ostaa toisen, tai se voi sisältää uusien palvelujen lisäämisen. Kummankin tulokset johtavat usein suurempaan työvoimaan ja lisäasiakkaisiin, jotka kaikki vaativat enemmän resursseja ja usein ylläpitokerrosten lisäämistä.
Toimitusjohtaja on usein lentoyhtiön hierarkkisen rakenteen kärjessä. Tämän johtajan kautta tehdään kaikki tärkeät päätökset. Toimitusjohtaja ei ole ainoa johtaja mukana, mutta hänellä on käsi tärkeissä päätöksissä. Talousjohtaja (CFO) on mukana luomassa arvoa osakkeenomistajille, mittaamassa yrityksen taloudellista tulosta ja määrittämässä, miten taloudellista suorituskykyä voidaan parantaa. Yleensä julkisesti noteerattuun lentoyhtiöön kuuluu hallitus, joka on ryhmä henkilöitä, jotka äänestävät tärkeistä päätöksistä lentoyhtiössä.
Myynnin ja markkinoinnin ammattilaiset ryhmitellään tyypillisesti samalla tavalla. Operatiivisella puolella ovat lentäjät, lentoemännät ja huoltotyöntekijät. Lentoyhtiön organisaatiorakennetta on mahdollista laajentaa tarpeen mukaan.
Sosiaalisesta mediasta on tulossa yhä tärkeämpi lentoyhtiöille. Yritykset käyttävät Internetiä kauppojen edistämiseen, asiakkaiden kiinnostuksen herättämiseen ja yleisön palautteen saamiseen. Sosiaalisen median osasto tai ryhmä voidaan yhdistää osaksi markkinointitoimintaa, ja siihen voi kuulua vain kourallinen henkilökuntaa, mutta näillä henkilöillä voi silti olla merkittävä vaikutus lentoyhtiöön.