Vuonna 1932 Yhdysvaltain kongressi perusti liittovaltion asuntolainajärjestelmän vastauksena masennuksen vaikutukseen asunnon omistukseen. Järjestelmän tarkoituksena oli hidastaa sulkemisten määrää, edistää rakennusteollisuutta ja lisätä asuntojen omistusta. Viiden jäsenen liittovaltion asuntolainalautakunta perustettiin säästämään ja valvomaan säästöjä tai säästöjä ja lainoja (S&L), ja perustettiin pankki tarjoamaan matalakorkoista rahaa jäsenlaitoksille asuntolainarahoitusta varten. Nykyinen liittovaltion asuntolainapankkijärjestelmä on valtion tukema yritys, joka koostuu 12 osuuskunnan omistamasta liittovaltion asuntolainapankista (FHLB), jotka toimivat likviditeetin lähteenä yli 8000 jäsenelle rahoituslaitokselle.
1980 -luvulla S&L -alan kriisi puhkesi huonon asuntolainanannon seurauksena. Vastauksena kongressi lakkautti liittovaltion asuntolainalautakunnan vuonna 1989 ja korvasi sen liittovaltion asuntorahoituslautakunnalla, jonka tehtävänä oli valvoa liittovaltion asuntolainajärjestelmää. Tuolloin jäsenyyttä laajennettiin koskemaan liikepankkeja, luotto -osuuskuntia ja vakuutusyhtiöitä perinteisten säästöjen lisäksi. Vuonna 1999 Gramm-Leach-Bliley-laki laajensi maatalouspankkien pääsyä liittovaltion asuntolainajärjestelmään pyrkiäkseen rahoittamaan maaseudun kehittämistä. Vuonna 2008 vastuu valvonnasta siirtyi jälleen ja siitä tuli liittovaltion asuntorahoitusviraston vastuulla, joka valvoo myös Freddie Macia ja Fannie Maeta.
Liittovaltion asuntolainajärjestelmää pidetään valtion tukemana kokonaisuutena, koska se luotiin kongressin säädöksellä, joka tarjosi useita etuja yleiskustannusten alentamiseksi. Näitä ovat vapautus yhtiöverosta ja vapautus velkainstrumentteja koskevista arvopaperimarkkinoiden rekisteröintivaatimuksista. Kaksitoista pankkia kerää rahaa myymällä joukkovelkakirjalainoja rahoitusmarkkinoilla, joita ne puolestaan lainaavat jäsenlaitoksille alhaisilla koroilla asuntolainojen rahoittamiseen.
Kaksitoista pankkia, jotka muodostavat liittovaltion asuntolainajärjestelmän, sijaitsevat alueellisesti eri Amerikan kaupungeissa. Pankit, säästöt, luotto -osuuskunnat ja vakuutusyhtiöt ovat tervetulleita liittymään alueensa pankkiin edellyttäen, että ne täyttävät tietyt kriteerit. Esimerkiksi jäsenillä on oltava 10% varoistaan asuntolainoissa tai nimettävä yhteisön rahoituslaitokseksi. FHLB: t ovat kaikki erillisiä oikeushenkilöitä, ja niitä hallitsee oma 14 jäsenen hallitus, joista suurin osa on jäsenrahoituslaitosten valitsemia.
Liittovaltion asuntolainajärjestelmä osallistuu myös kongressin vuonna 1989 perustamaan edulliseen asunto-ohjelmaan (AHP). AHP myöntää tukea asuntojen ostamiseen, rakentamiseen tai kunnostamiseen sekä omistusasuntojen että vuokra-asuntojen osalta pienille ja kohtuullisille tuloille yksilöitä. Jokaisen 12 FHLB: n on maksettava 10% nettotuloistaan avustuksina AHP: hen. Varat maksetaan kilpailullisesti hankkeisiin, joita rahoittavat jäsenrahoituslaitokset, jotka työskentelevät yhdessä paikallisen voittoa tavoittelemattoman järjestön kanssa.