Linnut ovat sauropsidien (matelijoiden) kolmanneksi suurin evoluution haara, joista ensimmäinen on ei-archosaurian matelijoita ja toinen arkosauruksia (joka sisältää dinosaurukset ja krokotiilit). Linnut ovat pitkälle kehittyneitä arkosauruksia, eivätkä ne näytä ollenkaan läheisiltä eläviltä sukulaisiltaan, krokotiileiltä. Lintujen kehityshistoria on pitkä ja monimutkainen, koska ne ovat sauropsid -ryhmän viimeisin merkittävä haara. Aiemmin oletettiin, että linnut saattoivat kehittyä krokotiileista tai varsiryhmien arkosauruksista alkuvuodesta Mesozoicissa.
Linnut kehittyivät pienistä dinosauruksista noin 155 miljoonaa vuotta sitten, suoraan Mesozoic -aikakauden keskellä. Tämä on tieteellinen yksimielisyys, joka syntyi suhteellisen hiljattain – monien vuosikymmenten ajan lintujen varhainen kehityshistoria oli tuntematon ja erittäin kiistanalainen aihe. Käsityksen siitä, että lintujen kehityshistoria alkoi dinosauruksista, ehdotti Darwinin harrastaja Thomas Henry Huxley, pian lajien alkuperän julkaisemisen jälkeen vuonna 1859, mutta se vahvistettiin vasta 1960 -luvulla, jolloin evoluutiobiologia ja vertaileva anatomia on edennyt siihen pisteeseen, että se tarjoaa runsaasti todisteita suhteen hyväksi.
Lintujen evoluutiohistoria perustuu höyhenpeitteisiin dinosauruksiin, eläimiin, joiden olemassaolosta emme edes tienneet, ennen kuin joukko ratkaisevia löytöjä Kiinassa 1990 -luvulla. Ilmeisesti jotkut dinosaurusten höyhenet kasvoivat niin pitkiksi, että he pystyivät käyttämään niitä liukumaan ja lopulta lentämään. Tämä johti moniin evoluutiomuutoksiin nykypäivän lintujen suuntaan-ontot luut, korkeampi aineenvaihdunta, nokat jne. Lintujen kehitys matelijan linjalta on esimerkki kylmäverisistä olennoista kehittyvästä lämminverisestä olennosta , mikä tapahtui myös silloin, kun nisäkkäät kehittyivät kylmäverisistä synapsideista, kaukaisista esi-isistämme.
Kuuluisin fossiili, joka osoittaa evoluution yhteyden dinosaurusten ja lintujen välillä, on Archeopteryx, dinosauruslintu, joka asui Mesozoicin keskellä. Se sisältää lukuisia ominaisuuksia dinosaurusten ja lintujen välissä. Vaikka sillä oli höyhenet, leveät siivet ja kyky lentää, suurella osalla sen anatomiasta oli enemmän yhteistä teropodidinosaurusten kanssa, kuten pienet hampaat, pitkä, luinen häntä ja kynnetyt eturaajat.
Lintujen kehityshistoria koki uuden alun, kun lintujen tärkeimmät saalistajat ja kilpailijat, dinosaurukset ja pterosaurukset (lentävät matelijat), kuolivat sukupuuttoon ja jätti taivaan auki. Nykyään linnut ovat tärkein ruokalähde lihansyöjille tai kaikkiruokaisille nisäkkäille, kuten kissoille ja ihmisille.