Ihmisissä lisääntymisjärjestelmän fysiologia vaihtelee miesten ja naisten välillä. Molemmilla sukupuolilla lisääntymisjärjestelmän fysiologia koostuu ulkoisista ja sisäisistä sukuelimistä ja sukurauhasista, mutta mitä ja missä nämä elimet ovat, eroaa merkittävästi. Sukupuolielimet ovat elimiä ja kehon osia, joita tarvitaan lisääntymiseen. Sukupuolielimet ovat elimiä, jotka ovat vastuussa lisääntymissolujen tai sukusolujen tuottamisesta.
Uroksen lisääntymisjärjestelmän fysiologia sisältää useita kehon osia ja elimiä. Ulkoiset sukuelimet koostuvat peniksestä ja kivespussista. Sisäiset sukupuolielimet löytyvät enimmäkseen näistä uroksen ruumiinosista, ja niihin kuuluvat kivekset, lisäkives, verisuonet, siemenrakkulat, virtsaputki ja eturauhanen. Urospuoliset sukusolut eli siittiöt tuotetaan kiveksissä, jotka ovat urospuolisia sukurauhasia.
Vaikka suurin osa urosten lisääntymiselimistä löytyy ulkoisista sukupuolielimistä, tämä ei pidä paikkaansa naisilla. Naisten lisääntymisjärjestelmän fysiologia löytyy enimmäkseen alavatsasta. Ulkoiset sukuelimet koostuvat häpyhuultista ja klitoriksesta, jotka ovat erittäin hermostuneita seksuaalista stimulaatiota varten. Suurin osa elimistä on sisäisiä ja niihin kuuluvat emätin, kohdunkaula, kohtu, munanjohtimet ja munasarjat. Munasolut eli munat muodostuvat naisten munasarjoissa.
Sukupuolijärjestelmän fysiologia ei ole pelkästään mies- ja naaraspuolinen, vaan myös prosessi, jolla sukusolut tuotetaan ja toimitetaan lisääntymisen aikana. Spermatogeneesi on prosessi, joka tuottaa siittiöitä kiveksen siemenputkissa, joka jatkuu koko ihmisen elämän. Kun siittiösolut on tuotettu, ne kypsyvät ja varastoidaan lisäkivekseen lannoitusta varten. Ennen siemensyöksyä siittiöitä sekoitetaan eturauhasen ja siemennesteen rakkulanesteen kanssa siemennesteen muodostamiseksi. Siemensyöksyn aikana siemenneste poistuu peniksestä virtsaputken kautta.
Naisilla kaikki munasolut ovat läsnä syntymähetkestä lähtien, eikä muita munasoluja tuoteta koko naisen elinaikana. Murrosiästä alkaen munat alkavat kypsyä munasarjoissa, ja joka kuukausi yksi kypsä munasolu vapautuu yhdestä munasarjasta. Tämä vuorottelee heidän kahden välillä. Sitten se siirtyy munanjohtoa pitkin kohtuun. Jos siittiöiden hedelmöitys ei tapahdu, munasolu ja kohdun limakalvo poistuvat kohdunkaulan ja emättimen kautta kuukautisten aikana.