Lissamphibia on ainoa elossa oleva sammakkoeläinten alaluokka – kaksi muuta, Lepospondyli (lepospondyls) ja Labyrinthodontia (labyrinthodonts), jotka ovat kuolleet sukupuuttoon Permissä (290 miljoonaa vuotta sitten) ja liitukaudella (120 mya). Labyrinthodontit olivat jo menossa alamäkeen Permin-Triassin sukupuuttoon (251 mya) ja erityisesti myöhäis-Triassiin (210 mya), suunnilleen samaan aikaan, kun dinosaurukset tulivat hallitseviksi. Lissamphibia koostuu kolmesta luokasta: sammakot/rupikonnat, salamandrit ja raajattomat caecilans.
Varhaisimmat tunnetut alaluokan Amphibia jäsenet ovat basaali temnospondyylejä, jotka on päivätty 340 miljoonaa vuotta sitten, varhaisessa hiilessä. Näillä kalan kaltaisilla tetrapodeilla oli rönsyileviä asenteita, jotka asettivat ne lähelle maata ja olivat suhteellisen suuria, 3–5 jalkaa pitkiä, kuten lohkoperäiset kalat, joista ne kehittivät. He käyttivät niin paljon energiaa kävelyyn, että he olisivat usein uupuneet ja tarvitsisivat lepoa. Onneksi heille, koska lihansyöjä tetrapodit eivät olleet vielä kehittyneet, he saivat levätä rauhassa – jonkin aikaa.
Ensimmäinen tunnettu Lissamphibian jäsen, “Hottonin muinainen sammakko”, joka tunnetaan myös nimellä “frogamander”, on päivätty varhaispermille 290 miljoonaa vuotta sitten. Kuten sen nimi osoittaa, siinä on yhdistelmä salamanderia ja sammakon kaltaisia ominaisuuksia. Vaikka tämä tiedetään, tutkijat ovat kuitenkin suhteellisen hämmentyneitä alkuperän yksityiskohdista ja Lissamphibian ryhmien välisistä suhteista.
Kaikkia mahdollisia syntyperiä on ehdotettu – että Lissamphibia on temdospondyylien (runsas labyrinthodont -tyyppi), klade lepospondylien sisällä tai että caecilans on peräisin lepospondylistä ja sammakot ja salamandrit ovat peräisin temnospondyyleistä. Koska Lissamphibian kaikkien jäsenten välillä on paljon yhteisiä piirteitä, useimmat tiedemiehet tunnustavat olevansa luonnollinen kladi, mikä tekee viimeisestä mahdollisuudesta vähiten todennäköisen. Joillakin tiedemiehillä on taipumus olettaa, että Lissamphibia kehittyi temnospondyyleistä, koska ne olivat kyseisenä aikana (hiili) monimuotoisempia ja lukuisia kuin leposondyylit. Lepospondylit olivat kuitenkin huomattavasti pienempiä, joten voisi olla järkevää, että pienten sammakkoeläinten laji kehittyy toisesta pienten sammakkoeläinten ryhmästä sen sijaan, että ryhmä olisi keskimäärin huomattavasti suurempi.
Koska fossiilisten tietueiden aikakaudella on löydetty vain vähän tetrapod-fossiileja, jotka tunnetaan nimellä “Romerin aukko” (360-340 mya), tetrapodien alkuperä on jonkin verran salaperäinen. Viime aikoina on kuitenkin löydetty uusia fossiilisia kohteita, joissa on näytteitä tästä vaikeasti havaittavasta ajanjaksosta. Meillä on paljon opittavaa tästä muinaisen evoluutiohistorian sameasta ajanjaksosta.