LOD -pisteet edustavat kahden geneettisen ominaisuuden välisen yhteyden todennäköisyyttä. Jos pisteet ovat korkeat, se tarkoittaa, että piirteet liittyvät läheisesti toisiinsa ja siksi yleensä peritään yhdessä. Alhaiset pisteet sen sijaan osoittavat alhaista yhteyttä. Näiden lukujen ymmärtäminen on geneettikoille tärkeää useista syistä aina halusta ymmärtää tiettyjä geneettisiä olosuhteita ja halusta selvittää, missä geeni sijaitsee, käyttämällä tietoja tunnetuista geeneistä.
LOD -pistemäärän tärkeyden ymmärtämiseksi on hyödyllistä tietää, että mitä lähempänä kaksi geenilokusta ovat toisiaan, sitä todennäköisemmin ne peritään yhdessä. Jos geenit ovat esimerkiksi eri kromosomeissa, ne peritään yleensä erikseen, koska meioosin aikana voi tapahtua paljon risteytymistä. Geenit, jotka ovat samassa kromosomissa, mutta kaukana toisistaan, periytyvät myös yleensä itsenäisesti. Kun lokukset ovat saman kromosomin välittömässä läheisyydessä, ne kuitenkin periytyvät yleensä yhdessä. Nämä tiedot ovat pisteytysjärjestelmän ytimessä.
LOD tarkoittaa “kertoimien logaritmia”, mikä heijastaa sitä, että luku ilmaistaan logaritmisesti. Yleensä jos pistemäärä on 3 tai enemmän, se tarkoittaa, että geneettisen sidoksen todennäköisyys on suuri. Pienemmät luvut osoittavat vähemmän todennäköistä geneettistä yhteyttä, vaikka ne voivat silti olla hyödyllisiä eliminaatioprosessissa.
LOD -pistemäärän määrittämiseksi tarvitaan datanäyte, ja tämäntyyppisessä tilastollisessa analyysissä mitä suurempi näyte, sitä parempi. Hedelmäkärpästen kaltaisten organismien kanssa työskentelevät tutkijat voivat aktiivisesti kasvattaa populaatiota tuodakseen esiin tai tukahduttaakseen halutut piirteet tiettyjen piirteiden välisen yhteyden tutkimiseksi, kun taas populaatioiden, kuten ihmisten, tutkijoiden on rajoituttava havainnoinnilla kerättyihin tietoihin. Suuret näytteet tuottavat yleensä tilastollisesti merkityksellisempää tietoa, koska ne vähentävät tietojen vääristymistä.
Kiinnostavan väestön tietojen avulla tutkijat tarkastelevat, kuinka usein tietyt piirteet esiintyvät yhdessä ja kuinka usein ne tulevat esiin erikseen. Näitä tietoja käytetään rekombinaatiotaajuuden saavuttamiseen tarkasteltaessa kuinka usein geneettiset piirteet yhdistyvät. Ollakseen samassa kromosomissa, rekombinaatiotaajuuden on oltava alle 50%, ja sen on vähennettävä vielä enemmän osoittaakseen, että lokukset ovat lähellä toisiaan. Tutkijat analysoivat näitä tietoja määrittääkseen, kuinka todennäköistä on, että geneettinen yhteys on olemassa vai ei. LOD -pistemäärä määritetään jakamalla linkityksen todennäköisyys todennäköisyydellä, jolla ei ole yhteyttä. Yleensä pisteet lasketaan useille paikoille.