Naudanlihaa tuotetaan kaupallisesti useilla eri tavoilla. Yksi yleisimmistä naudanlihan tuotantomenetelmistä on pitää karja laitumella suuren osan elämästään ja siirtää se sitten rehuerään muutaman viime kuukauden ajan. Lihaeläimille annetaan elinkaarensa aikana usein injektioita kasvun stimuloimiseksi sekä antibiootteja sairauksien hoitamiseksi tai ehkäisemiseksi, varsinkin kun ne ovat tungoksessa yhdessä. Naudanlihaa, joka on kasvatettu ilman minkäänlaisia kemiallisia lisäaineita, mukaan lukien antibiootit, pidetään luonnonmukaisena naudanlihana.
Rutiininomaisesti lihakarjaa ruiskutetaan kasvuhormoneilla tietyntyyppisissä operaatioissa Yhdysvalloissa, Kanadassa ja joissakin muissa maissa, jotta edistetään tehokkaampaa rehun muuntamista ja parannetaan siten operaation taloudellista menestystä. Monet ihmiset pelkäävät, että hormonit pysyvät lihassa ja voivat vaikuttaa lihaa syöviin ihmisiin. Hormoneilla käsiteltyä naudanlihaa ei saa tuoda joillekin Euroopan alueille syövän vuoksi. Naudanlihan luonnonmukaiset viljelijät eivät käytä nautaeläimissään mitään hormoneja, vaan luottavat lihansa tuottamiseen hyviin jalostus- ja hoitokäytäntöihin.
Antibiootit ovat toinen huolenaihe monissa tavanomaisissa lihakarjan toiminnoissa, koska antibioottien jälkiä löytyy lihasta kauan lääkkeiden käytön jälkeen. Erilaisten antibioottien käyttö on rutiininomaista monissa paikoissa ja lääkkeet pistetään riippumatta siitä, onko eläin sairas vai ei. Tämä tehdään osittain nautojen sairastumismahdollisuuden vähentämiseksi ja osittain siksi, että antibioottien injektiot auttavat karjaa lihoamaan nopeammin monissa tapauksissa. Luomun naudanlihan viljelijät eivät käytä lainkaan antibiootteja, joten tämän tyyppisen lihan ostajat tietävät, että niitä ei altisteta tarpeettomasti.
Jotkut naudanlihan tuottajat ruokkivat karjansa kierrätysmuovipellettejä luonnonkuitujen sijaan ja elintarvikkeita, jotka sisältävät eläimistä saatavia sivutuotteita, mukaan lukien jauhelihan osat. Luonnonmukaisesti kasvatetuille nautaeläimille ei saa koskaan antaa mitään rehua, joka ei ole sataprosenttisesti kasvissyöjä. Märehtijöitä ei ole tehty syömään lihaa, ja uskotaan, että tällaiset käytännöt auttavat levittämään vakavia sairauksia, kuten hullun lehmän tautia. Luonnonmukaista naudanlihaa tuottavat karjankasvattajat ruokkivat vain luonnollista rehua, luomuheinää ja luomuviljoja ja lisäravinteita.
Yleensä luonnonmukaisen naudanlihan tuottamiseen kasvatettujen nautojen tulisi elää mahdollisimman lähellä luonnollista elämää, mikä yleensä tarkoittaa, että ne kasvatetaan laitumella eikä suljetussa tilassa. Heille on annettava vapaa pääsy raittiiseen ilmaan, veteen ja auringonpaisteeseen. Kaikki niiden elintarvikkeet on tuotettava luonnonmukaisesti, mikä tarkoittaa, että luonnonmukaista naudanlihaa saa syöttää vain ruohoon ja heinään, joka ei sisällä torjunta- ja rikkakasvien torjunta -aineita. Luomunautana kasvatettavien vasikoiden on oltava peräisin lehmistä, jotka on aloitettu luomuruoalla useita kuukausia ennen vasikan syntymää.