Naiset, jotka käyvät vaihdevuodet, kuukautiskierron päättyessä, tuottavat lisääntymishormonin estrogeenia paljon alemmalla tasolla kuin hedelmällisenä aikana. Koska estrogeenin ja muiden lisääntymishormonien väheneminen aiheuttaa muutoksia kehossa, jotkut naiset haluavat käyttää estrogeenilisää lievittääkseen vaihdevuosiin liittyviä oireita. Valitettavasti perinteiset estrogeenilisät ovat synteettisiä, niitä käsitellään laboratoriossa ihmiskeholta vieraista aineista, ja niihin liittyy useita vaarallisia sivuvaikutuksia, erityisesti rintasyöpä. Luonnollinen estrogeenikorvaushoito on uudempi vaihtoehto, jota monet naiset ja lääkärit pitävät kehon turvallisempana ja lempeämpänä. On tärkeää huomata, että vaihdevuodet ovat luonnollinen elämänvaihe, ei sairaus, eivätkä kaikki naiset tarvitse hormonikorvaushoitoa vaihdevuosien aikana.
Yleisimmin määrätty estrogeenikorvausmuoto on konjugoitu hevosen estrogeeni, joka syntetisoidaan raskaana olevan tamman virtsasta. Se on ollut käytössä 1950 -luvulta lähtien. Ihmiskehossa luonnossa esiintyvien kolmen estrogeenimuodon – estradiolin, estronin ja estriolin – lisäksi hevosen konjugoitu estrogeeni sisältää myös equiliinia, joka on hevosille ominainen estrogeenimolekyyli, jonka vaikutuksia ihmiskehoon ei tunneta. Konjugoidun hevosen estrogeenin mahdollisia sivuvaikutuksia ovat sydänkohtaus, aivohalvaus, rintasyöpä ja syvä laskimotromboosi.
Luonnollinen estrogeeni, jota kutsutaan myös bioidentiseksi estrogeeniksi, on äskettäin ilmestynyt vaihtoehtona konjugoidulle hevosen estrogeenille ja muille synteettisille kaavoille. Se sisältää vain luonnossa esiintyviä ihmisen estrogeenimolekyylejä estradiolia, estronia ja estriolia. Vaikka synteettisiä estrogeenilisäaineita käytetään useimmiten suun kautta, luonnollista estrogeenia annetaan useammin depotlaastarin tai emulsiovoiteen kautta. Monet luonnollisen estrogeenikorvaushoidon kannattajat uskovat, että monet perinteiseen hormonikorvaushoitoon liittyvät sivuvaikutukset voivat johtua lisäravinteiden ottamisesta suun kautta. Suun kautta otettavilla estrogeeneillä on myös suurempi veren hyytymisriski kuin transdermaalisilla estrogeeneillä.
Vaikka jotkut tutkimukset ovat osoittaneet, että luonnollisella estrogeenillä ei ole samoja riskejä kuin konjugoidulla hevosestrogeenillä, kuten verihyytymillä, luonnollinen estrogeeni on suhteellisen uusi tekniikka, ja tutkimuksista on saatavilla vähemmän tietoa. Suurin ongelma luonnollisissa estrogeenilisissä on se, että Yhdysvaltojen elintarvike- ja lääkevirasto (FDA) ei tällä hetkellä säätele niitä. Monet apteekkien väitteistä luonnollisista estrogeenituotteistaan eivät ole perusteltuja. Luonnollinen estradioli ja progesteroni, toinen lisääntymishormoni, jota käytetään usein hormonikorvaushoidossa, ovat kuitenkin saatavana FDA: n hyväksymissä tuotteissa.