Luonnollinen immuniteetti kuvaa tilaa, joka kykenee vastustamaan sairauksia; tällainen tila johtuu terveestä immuunijärjestelmästä. Tämä immuniteetin muoto on vastustus, jonka ihminen perii vanhemmiltaan, toisin kuin hankittu immuniteetti, jota hän kehittää elämänsä aikana. Hankittu immuniteetti rakentuu, kun henkilö kärsii ja voittaa tietyn sairauden; immuunijärjestelmän muistisolut oppivat olennaisesti sairauden ja muistavat, miten voittaa se tulevaisuudessa. Jos henkilö ei ole syntynyt jollakin perinnöllisellä immuniteetilla, on epätodennäköistä, että hän selviytyisi lapsuudestaan, koska on olemassa monia yleisiä sairauksia, jotka olisivat tappavia niille, joilla ei ole immuniteettia.
Yksi terveen ja tehokkaan immuunijärjestelmän tärkeimmistä ominaisuuksista on kyky erottaa itsensä ja ei-itsensä. Luonnollinen immuniteetti antaa lapselle tämän kyvyn jossain määrin, jolloin hänen immuunijärjestelmänsä voi tunnistaa ja torjua uhkia. Jos ihmisen immuunijärjestelmä ei pystyisi tekemään eroa itsensä ja ei-itsensä välillä, se todennäköisesti hyökkääisi kehon eri tarpeellisten puolien sijaan haitallisten ja antagonististen elementtien sijaan. Luonnollinen immuniteetti varmistaa, että tämä ei ole ongelma terveillä imeväisillä; heidän immuunijärjestelmänsä kykenevät jo erottamaan itsensä ei-itsestä, tunnistamaan uhat ja torjumaan useita yleisiä vaivoja.
Luonnollisen ja hankitun immuniteetin toiminta liittyy läheisesti antigeeneiksi kutsuttuihin molekyyleihin. Antigeenit ovat aineita, jotka aiheuttavat jonkinlaista immuunivastetta. Kun immuunijärjestelmä kohtaa tietyn antigeenin, se pyrkii muistamaan sen ja pystyy rakentamaan paljon tehokkaamman puolustuksen seuraavalla kerralla, kun vastauksen aiheuttanut antigeeni ilmestyy. Perinnöllinen koskemattomuus ei vaadi tällaista muistia; immuunijärjestelmä pystyy välittömästi reagoimaan tehokkaasti tiettyihin antigeeneihin, jotka perustuvat jossain määrin yksilön vanhempien hankittuun immuunijärjestelmään.
Immuunivaste voi olla spesifinen tai epäspesifinen yksilön terveydelle aiheutuvan uhan erityisluonteen perusteella. Spesifiset immuunivasteet on kohdistettu erityisiin uhkiin, kun taas epäspesifiset immuunivasteet ovat tehokkaita monenlaisia ongelmia vastaan. Suurin osa luonnollisen immuniteetin ominaisuuksista keskittyy epäspesifisiin immuunivasteisiin, jotka voivat käsitellä monenlaisia uhkia. Syntymän jälkeen, kun yksilö altistuu monille sairauksille ja antigeeneille sairauden tai rokotteiden kautta, hän alkaa rakentaa kirjastoa erityisistä, kohdennetuista immuunivasteista, joiden avulla hän voi tehokkaasti käsitellä erilaisia erityisiä uhkia.