Tilintarkastuksen kannalta luontainen riski on riski, että jokin osa yrityksen kirjanpitoprosessista on virheellinen tai virheellinen. Tämä riski on erillinen kontrolliriskistä, johon yrityksen kirjanpitoprosessiin asettamat toissijaiset tarkastukset vaikuttavat. Luontainen riski voi johtua inhimillisistä tekijöistä, kuten työntekijöiden mahdollisesta väärinkäytöstä tai tahattomista kirjanpitokäytännöistä. Myös tällaisen riskin huomioon ottaminen on kyseessä olevan liiketoiminnan luonne ja mitattavat tilit.
Tilintarkastajat, jotka ovat vastuussa arvioinnista yrityksen taloudellisista käytännöistä, ovat huolissaan mahdollisista virheistä kirjanpitotoimissa. Nämä virheet voivat tietysti olla erittäin haitallisia yrityksen yleiselle asemalle. Yritykseen voivat vaikuttaa taloudellisesti kaikki mahdolliset veroseuraamukset, ja siihen voi vaikuttaa asiakkaiden ja sijoittajien epäluottamus. Näistä syistä tilintarkastajat arvioivat tarkastusprosessin alussa yrityksen taloudellisiin käytäntöihin liittyvän riskin.
Luontainen riski on sellainen riski, jota on mahdotonta välttää suuryrityksille. Tilintarkastajat arvioivat tällaista riskiä yleensä konservatiivisesti, koska on mahdotonta ennustaa tarkasti, kuinka paljon sitä on olemassa. Sitä vastoin tarkastaja voi arvioida turvallisesti kontrolliriskin. Ihannetapauksessa yritys voi pienentää kokonaisriskin käytännössä olemattomaksi sisällyttämällä sisäisen valvonnan kaikkiin kirjanpitokäytäntöihin. Ilman näitä tarkastuksia valvontariski asetettaisiin 100 prosenttiin, vaikka ei ole realistista ajatella, että kaikki rahoituskäytännöt olisivat virheellisiä.
Luontaisen riskin määrittäminen on tilintarkastajille usein subjektiivinen prosessi, koska se riippuu usein yrityksen taloudesta vastaavien työntekijöiden luotettavuudesta. Tilintarkastajan on arvioitava, voidaanko näihin työntekijöihin luottaa asianmukaisten taloudellisten raporttien laatimisessa. Niiden luotettavuutta voivat vaarantaa aikarajoitukset, ylimmän johdon painostus positiivisten tulosten saavuttamiseksi tai jopa yksinkertainen kyvyttömyys.
Yrityksen kirjanpitoon liittyvien luontaisten riskien määrä riippuu myös siitä, millaista liiketoimintaa se on ja miten sen varallisuus mitataan. Jos esimerkiksi yrityksellä on suurin osa varallisuudestaan käteisvaroissa, sitä olisi vaikea vääristää ja riski olisi suhteellisen pieni. Toisaalta yritys, jonka varallisuus riippuu epätarkasta omistuksesta, kuten myyntisaamisista tai osakkeiden arvostuksista, saattaa todennäköisemmin esittää väärää omaisuutta.