Meren elinympäristö on suolaisen veden runko, sen rantaviiva ja pohja, joissa kaikissa asuu useita lajeja. Meren elinympäristössä on useita vyöhykkeitä, jotka toimivat erilaisten olentojen koteina. Matalat rannikkoalueet sijaitsevat meren ja maan välisellä rajalla, syvemmät alueet mannerjalustan reunan yli ja itse merenpohja. Meren elinympäristöihin vaikuttavat muun muassa lämpötila, vuorovesi, virtaus, suolapitoisuus, syvyys ja kasvillisuus.
Meren elinympäristön villieläimet voivat olla varsin erilaisia, koska siellä elävät olennot ovat sopeutuneet valtameren vaihteleviin olosuhteisiin. Vaikka suurin osa olentoista hengittää kidusten läpi eikä voi selviytyä veden ulkopuolella pitkiä aikoja, jotkut ovat sopeutuneet elämään vuorovesi -alueiden vieressä, joissa ne saattavat toisinaan joutua tilapäisesti maahan tai vesialtaisiin, joissa on paljon suolaa. Muut olennot tuottavat oman valonsa, jota ne käyttävät navigoidakseen syvien vesien pimeydessä. Jotkut, kuten hait, ovat jopa kehittäneet sähköisen vastaanoton, joka antaa heille mahdollisuuden navigoida ja löytää ruokaa tunnistamalla sähköisiä impulsseja.
Meren elinympäristön lämpötila vaikuttaa siihen, miten merieläimet sopeutuvat siihen. Pienilläkin lämpötilan vaihteluilla voi olla syvällinen vaikutus asukkaisiin. Oikean kehon lämpötilan ylläpitämiseksi useimpien kylmäveristen merieläinten on kulutettava suuria määriä ruokaa, jotta he voivat pysyä aktiivisina ja pitää kehon lämpötilan hieman veden lämpötilan yläpuolella. Hyvin kylmissä vesissä merinisäkkäät, kuten valaat ja mursut, ovat kehittäneet paksun rasvakerroksen juuri ihon pinnan alle auttaakseen heitä ylläpitämään kehon lämpötilaa.
Myös meren elinympäristö vaikuttaa virtaukseen. Tuulen, vuorovesi- tai maailmanlaajuisen liikkeen aiheuttama virta jakaa ruokaa, maaperää ja jopa munia koko elinympäristöön. Suuret, taustalla olevat maailmanlaajuiset virtaukset vaikuttavat meren elinympäristön lämpötilaan. Virtaukset voivat myös vaikuttaa meren elämän muuttotottumuksiin.
Valo on toinen tekijä, joka on tärkeä meren elinympäristölle ja siinä eläville eläimille. Valo on elintärkeää merilevien fotosynteesille. Valon kyky tunkeutua veteen vaikuttaa tekijöihin, kuten syvyyteen, aaltoihin, vaahtoon, planktoniin ja vedessä oleviin hiukkasiin. Luonnollisella tai ihmisen aiheuttamalla valumalla voi olla vakava vaikutus valon kykyyn tunkeutua riittävän syvälle, jotta merikasvit voivat fotosynteesiä.
Merenpohja on toinen tärkeä osa meren elinympäristöä. Merenpohja tai substraatti voi koostua monenlaisista kivistä ja hiukkasista. Nämä kivet ja hiukkaset auttavat määrittämään, millaiset merieläimet ja kasvillisuus voivat selviytyä alustalla. Esimerkiksi merilevä ei voi selviytyä hiekkaisella alustalla, koska se tarvitsee kiinteää kiveä ankkurina.