Metafysiikka on laaja filosofian opintoalue, jolla pyritään ymmärtämään ja luokittelemaan olemassaolon syvin luonne. Useimmat suuret uskonnot yrittävät vastaavasti selittää, miten ja miksi mitään, erityisesti ihmisiä, on olemassa maailmassa. Metafysiikka ja uskonto liittyvät siis toisiinsa, koska uskonto pyrkii usein tarjoamaan metafyysisen ymmärryksen olemassaolosta. Muita metafysiikalle ja uskonnolle tärkeitä kysymyksiä ovat ihmismielen luonne, vapaa tahto sekä Jumalan olemassaolo ja rooli.
Ainoa metafysiikkaa ja uskontoa yhdistävä tekijä on olemassaolon luonne perustason tasolla. Esimerkiksi materialistilla on metafyysinen näkemys siitä, että kaikki asiat voidaan ymmärtää aineellisesti ilman yliluonnollisia voimia. Uskonnolliset uskovat sen sijaan uskovat, että maailma on olemassa Jumalan tai jumalien vuoksi. Pantheistinen näkemys metafysiikasta ja uskonnosta sanoo, että “Jumalan” ja “maailman” ideoiden välillä ei ole todellista eroa.
Toinen tärkeä ongelma, jota molemmat käsitteet käsittelevät, on vapaa tahto. Tieteellisellä varmuudella ei tiedetä, voivatko ihmiset todella hallita toimiaan ja päätöksiään. Metafyysikot pyrkivät tutkimaan ja ymmärtämään, mitä tarkoitetaan “vapaalla tahdolla”, toisin kuin determinismi, ja jos nämä kaksi voidaan sovittaa yhteen. He pyrkivät myös tarjoamaan järkeviä perusteluja, joskus modernin tieteen pohjalta, vapaan tahdon puolesta tai vastaan. Eri uskonnot sen sijaan tukeutuvat joko vapaaseen tahtoon tai determinismiin eettisten järjestelmiensä perustana.
Teologia on filosofian osa, joka on kiinnostunut tutkimaan Jumalaa ja jumalallisuutta. Sellaisena se kutsuu osallistumaan sekä metafysiikasta että uskonnosta. Teologian tärkeitä kysymyksiä ovat Jumalan olemassaolo, mahdollisuus tuntea Jumala ja Jumalan rooli maailmankaikkeuden luomisessa ja ohjaamisessa. Jotkut metafyysikot esimerkiksi väittävät, ettei Jumalaa ole olemassa tai että ajatus “jumalasta” viittaa vain persoonattomaan luojaan. Uskonnolliset teologit puolestaan väittävät usein henkilökohtaista Jumalaa tai heidän uskontojensa esittämiä teologisia näkemyksiä.
Näiden käsitteiden tutkiminen perustuu moniin eri tekijöihin, joista monet ovat peräisin filosofiasta, historiasta ja uskonnosta. Jotkut uskonnot esimerkiksi estävät uskonnollisten opien kyseenalaistamisen ja kannustavat dogmaattiseen eikä kriittiseen metafysiikkaan. Toisaalta akateemisilla filosofeilla on taipumus uskoa, että mitä tahansa metafysiikan ja uskonnon kysymyksiä voidaan ja pitäisi tutkia.