Metsäekologia on tiede siitä, miten organismit reagoivat keskenään ja ovat vuorovaikutuksessa metsäekosysteemin ympäristön kanssa. Tämä erityinen tutkimusala on erittäin tärkeä niille, jotka ovat huolissaan metsien suojelusta. Ilman hyvää tietoa metsästä, mikä tekee siitä terveen tai epäterveellisen, kestävää suunnitelmaa ei voida toteuttaa. Tämän alan ekologi voi työskennellä yliopistossa, puistopalvelussa tai jopa yksityisessä yrityksessä.
Metsäekologiaan osallistuvat toivovat löytävänsä johtopäätöksiä useista asioista. Tutkimuksiin voi kuulua sekä vanhojen että uusien kasvumetsien merkitys, invasiivisten eläin- ja kasvilajien uhkataso sekä ihmisen toiminnan vaikutus paikalliseen ympäristöön. Joissakin tapauksissa ekologin on metsän koosta riippuen ehkä harkittava useiden vyöhykkeiden tai biomien tietoja. Vaikka nämä erilliset alueet saattavat vaikuttaa toisiinsa liittyviltä, ne kaikki voivat viitata metsän yleiseen terveyteen.
Metsäekologia vaatii paljon aikaa järjestelmässä esiintyvien eri lajien tallentamiseen. Usein näitä datapisteitä verrataan aiempina vuosina kerättyihin tietoihin. Tämän vertailun pitäisi antaa hyvä käsitys alueen pitkän aikavälin suuntauksista. Lajien väheneminen tai lajien määrän lisääntyminen voi aiheuttaa erityistä huolta.
Vaikka jotkut saattavat uskoa, että lajien monipuolistaminen on hyvä asia, jokainen metsäekologiaan osallistuva tietää, että sen on oltava oikea lajikkeen monipuolistaminen. Invasiiviset kasvi- ja eläinlajit voivat pystyä tuhoamaan kotoperäiset populaatiot ja muuttamaan siten lähes kaikki metsäekosysteemissä esiintyvät lajit vuosikymmenien kuluessa. Vaikka jotkut pitävät tätä luonnollisena luonnona, toinen syyttää ihmisiä tiettyjen lajien käyttöönotosta. Tämä voi johtaa hyvin luonnottomaan lopputulokseen.
Kun laji on luetteloitu ja suuntauksia tutkittu, seuraava askel on selvittää, ovatko muutokset osa metsän ekologian luonnollista kypsymistä vai johtuvatko luonnoton prosessista. Tämä määräytyy osittain katsomalla vieraiden lajien määrää ja ymmärtämällä metsissä ajan kuluessa tapahtuvia muutoksia. Kun katokset tiheytyvät, esimerkiksi saniaisten ja muun maanpeitteen kasvillisuus vähenee valon puutteen vuoksi. Tämä on odotettavissa.
Jos muutoksia pidetään kestämättöminä tai epäluonnollisina, ekologia voidaan pyytää laatimaan suunnitelma metsien terveyden palauttamiseksi. Joissakin tapauksissa ratkaisua ei ehkä ole, koska prosessit ja lajit ovat saattaneet olla liian juurtuneita muutokseen. Muissa tapauksissa voi olla tekniikoita, jotka voivat palauttaa luonnollisemman metsien ekologian.