Alkuaineiden tutkijat käyttävät mikroaaltohajotusta hapan hajotusmenetelmänä metallien liuottamiseen, jotta voidaan saavuttaa atomipäästöihin liittyvät mittaukset tai saavuttaa atomin absorptio. Siten mikroaaltohajotus määritellään tekniikana, jota käytetään liuottamaan metalleja happoon nostamalla sekä lämpötilaa että painetta säteilyn avulla. Laboratoriokäyttöön suunnitellut mikroaaltouunit ovat työkaluja, joita käytetään yleisesti prosessin suorittamiseen. Prosessin luontaiset edut keskittyvät siihen, että lyhennetään ruoansulatuksen saavuttamiseen kuluvaa aikaa, mikä on muutamassa minuutissa mikroaaltohajotuksen avulla, toisin kuin tunteja, jotka käyttävät muita toimivia menetelmiä, kuten kuumalle levylle sulamista. Prosessin turvallisen ja tarkan suorittamisen kannalta on kuitenkin tärkeää varmistaa, että sekä mikroaaltouuni että näyte valmistellaan oikein.
Mikroaaltouunin valmistelu käsittelemään mikroaaltohajotusnäyte sekä turvallisesti että tehokkaasti on prosessin kannalta tärkeää. Turvallisuus koskee mikroaaltouunin oikean käytön tietämistä. Ohjeet tähän vaihtelevat eri laboratorioissa käytettävien mallien välillä. Siksi opiskelijoiden ja tutkijoiden on tutustuttava uunin käyttöohjeeseen ennen sen käyttämistä. Lisäksi laboratoriot julkaisevat yleensä erityisiä käytäntöjä tällaisten laitteiden käyttämiseksi paikan päällä, ja käyttäjien on tutustuttava niihin ja noudatettava niitä.
Toisaalta näytteen valmistelu on melko tasaista valmistajasta riippumatta. Vaikka jotkut näytteet valmistetaan hieman eri tavalla kuin toiset, kaikissa näytteissä on muutama valmistussääntö, joita on noudatettava. Prosessin suorittaminen edellyttää happaman liuoksen laittamista astiaan, joka kestää happamia liuoksia ja säteilyä, ja sitten tiputetaan näyte astian sisään ennen sen sulkemista. Näytteen valmistelu edellyttää, että sen on oltava puhdas ja kuiva ennen sen altistamista happolle, kun astia noudattaa samoja standardeja. Lisäkosteus tai hiukkaset voivat aiheuttaa mikroaaltouunin kuumenemisen liikaa sisälle ja liuoksen sisältävän astian sulamisen, mikä aiheuttaa vaarallisen tilanteen.
Esisulatus on myös tärkeä askel, joka on otettava huomioon valmistettaessa tuntemattomia näytteitä mikroaaltouuniin. Tämä on myös pakollinen vaihe, jos näytteen epäillään sisältävän reaktiivisia aineita. Tyypillisesti prosessi sisältää näytteen valmistelun etukäteen ja sen jälkeen astian annetaan seisoa laskurilla vähintään 15 minuutin ajan reaktion havaitsemiseksi ennen näytteen lähettämistä mikroaaltouuniin. Näytteestä riippumatta on myös tärkeää huomata, että kun ruoansulatus on valmis, kaikki laboratoriot ovat lähettäneet suositellun jäähdytysajan ennen mikroaaltouunista poistamista. Kaikkien käyttäjien on noudatettava julkaistua käytäntöä vaarallisen onnettomuuden riskin vähentämiseksi.