Sana “mikrofloora” viittaa kokoelmaan eläviä mikroskooppisia organismeja, jotka kukoistavat elävien olentojen elinten sisällä. Nämä mikrobit, joita esiintyy esimerkiksi vatsassa, nielussa ja emättimessä, sisältävät sieniä, bakteereja ja viruksia; ne toimivat suoja -aineina, jotka vahvistavat immuunijärjestelmää, tai tuhoavia aineita, jotka heikentävät kehoa. Joissakin ympäristöissä on mikrofloora, johon kuuluu viruksia ja matoja. Mikroflooran, jota kutsutaan myös mikrobiootiksi, asukkaat voivat olla hyödyllisiä tai haitallisia riippuen siitä, ovatko he anaerobisia vai aerobisia. Juurisana ”kasvisto” viittaa siihen, että mikrofloora viittaa kukissa eläviin mikrobeihin; sana on kuitenkin kehittynyt viittaamaan ensisijaisesti eläinten ekosysteemeihin.
Hyödyllisiä ja ravitsevia mikrobeja useimpien mikroflooran sisällä kutsutaan tyypillisesti probiooteiksi; ne ovat anaerobisia. Bifidobakteerit ja laktobasillit ovat kaksi yleisimpiä probiootteja monien eläinten mikrofloorassa. Laktobasillit houkuttelevat ympäristöihin, joissa on paljon sokeria ja tärkkelystä. Monien lääkäreiden mukaan ne tuottavat maitohappoa, joka ruokkii lihaksia ylimääräisellä energialla. joillakin kehon alueilla maitohappobakteerit tuottavat desinfioivaa vetyperoksidia. Ensisijaisesti suolistossa, emättimessä ja virtsateissä esiintyvät laktobakteeribakteerit auttavat oletettavasti kehon positiivista mikroflooraa torjumaan taudinaiheuttajia, jotka ovat sairauksia aiheuttavia mikrobeja.
Bifidobakteerit, aivan kuten laktobakteerit, elävät myös suolistossa ja emättimessä ja tuottavat suojaavaa maitohappoa. Näiden bakteerien tiedetään ehkäisevän haavaumia ja ripulia, kun niitä on riittävästi. Niiden väitetään myös auttavan lievittämään rintakipua, ihottumaa ja flunssaa. Syöpää, hepatiittia ja hiiva -infektioita auttavat myös bifidobakteerit.
Mikrofloora on paras tasapainossa. Aina kun probioottien suhde on vinossa, infektiot ja sairaudet voivat johtua haitallisten bakteerien, kuten stafylokokin, hiivan ja streptokokin, korkeista pitoisuuksista; elimet voivat myös lakata toimimasta kunnolla. Huono ravitsemus, sairaudet ja lääkkeet, kuten kemoterapia, voivat tappaa hyviä bakteereja ja tuhota mikrobiston tasapainon. Genetiikka, ympäristön epäpuhtaudet ja stressi voivat myös tuhota bakteerisuhteet.
Tämän tasapainon palauttamiseksi tai säilyttämiseksi säännöllisesti monet ihmiset täydentävät ruokavaliotaan jauheella tai kapselilisällä, joka sisältää probiootteja. Oikea annostus riippuu yksilöstä ja kehon nykyisestä hyvien ja huonojen bakteerien suhteesta. Monet käyttäjät kokeilevat suositeltujen annosten lisäämistä vähitellen, kunnes he havaitsevat tartunnan, ärsytyksen tai energiatason muutoksen.
Fermentoidut elintarvikkeet, kuten jogurtti ja alkoholi, voivat usein lisätä hyödyllistä mikroflooraa. Rintamaito tarjoaa runsaasti probiootteja imeväisten mikrobistoille. Hyvien bakteerien suhde huonoihin bakteereihin suolistossa ja muualla kehossa on tyypillisesti 85–15 prosenttia sekä imeväisikäisille että aikuisille.