Mikrokimerismi on ilmiö, jossa organismin keho sisältää pienen määrän toisen organismin soluja. Toisin kuin tetragameettinen kimerismi, mikrokimerismi on hankittu. Tetragameettisessa kimerismissä sitä vastoin synnynnäinen ominaisuus ilmenee, kun kaksi ei-identtistä tsygoottia tai blastosystia sulautuvat yhteen ennen istutusta ja kehittyvät yhdeksi organismiksi, joka koostuu kahdesta solupopulaatiosta, joista jokaisella on omat erilliset geeninsä. Mikrokimerismia esiintyy monissa lajeissa, myös ihmisissä.
Ihmisten mikrokimerismi tapahtuu yleisesti raskauden aikana. Sikiön immuunijärjestelmän solut voivat päästä äitiin istukan kautta, missä ne voivat selviytyä ja jatkaa lisääntymistä mitoosin kautta. Joissakin tapauksissa näiden sikiösolujen jälkeläiset pysyvät äidissä vuosikymmeniä myöhemmin. Sama prosessi päinvastoin voi johtaa sikiössä eläviin äidin immuunisolupopulaatioihin, vaikka tämä on harvinaisempaa. Se voi johtua myös elinsiirroista ja verensiirroista.
Jotkut tutkimukset osoittavat, että mikrokimerismi voi aiheuttaa joitain autoimmuunisairauksia, kuten lupusta. Äidin immuunisolujen läsnäoloa on syytetty joistakin lasten kärsimistä autoimmuunisairauksista, kuten nuorten dermatomyosiitista. Jotkut systeeminen skleroosi, sairaus, joka vahingoittaa ihoa, niveliä ja joitain sisäelimiä, voivat johtua äidin elävistä sikiön immuunisoluista, ja jotkut tutkimukset ovat yhdistäneet sikiön immuunisolujen esiintymisen rintasyöpään. Autoimmuunisairaudet ovat yleisempiä naisilla kuin miehillä, ja sikiön solujen vaikutuksia on ehdotettu mahdollisena syynä tähän.
Tutkimuksen vaikutukset tällä alalla ovat kuitenkin edelleen epäselviä. Sikiön tai äidin immuunisolujen usein esiintyminen kudoksissa, joihin nämä sairaudet vaikuttavat, voi osoittaa, että ne aiheuttavat tai edistävät tautia, mutta se voi myös tarkoittaa, että vieraat solut ovat läsnä, koska ne auttavat taistelemaan tautia vastaan tai lieventämään vahinkoa. Näin ollen on myös oletettu, että osa mikrokimerismistä voi itse asiassa olla hyödyllistä.
Joillakin eläimillä, kuten karjalla, on tavallista, että istukat yhdistyvät kohdussa ja jakavat verenkierron. Tämän seurauksena solut voivat helposti kulkea veljellisten kaksosten välillä kohdussa, mikä johtaa mikrokimerismiin. Jos miehen ja naisen sikiö liitettiin tällä tavalla, sukupuolihormonien vaihto kehityksen aikana saa naisen maskulinisoitumaan osittain. Tämä estää lisääntymiselinten normaalin kehityksen ja johtaa siihen, mitä kutsutaan freemartiiniksi, steriiliksi naiseksi, jolla voi olla osittain maskuliinisia piirteitä. Mikrokimerismin läsnäoloa käytetään vahvistamaan, että naaras on freemartiini, koska hänen verensä sisältää soluja, joissa on urospuolista geneettistä materiaalia, joka on peräisin hänen kaksosestaan.