Lääketieteessä mikrokirurgia viittaa lukuisiin kirurgisiin tekniikoihin, joissa käytetään kirurgista mikroskooppia. Näitä tekniikoita käytetään nykyään useimmissa kirurgian aloissa, mukaan lukien plastiikkakirurgia, gynekologinen kirurgia, ortopedinen kirurgia, lasten kirurgia ja leuka. Yleisimpiä käyttökohteita ovat ne, joissa kudosten rekonstruointi on tarpeen, koska mikrokirurgia -instrumenttien avulla kirurgi voi kiinnittää tai kiinnittää uudelleen elimiä, kudoksia ja ihokappaleita. Mikroskoopit, joita kirurgi käyttää rekonstruktiivisen mikrokirurgian aikana, sekä pienikokoiset instrumentit, joita käytetään joskus tietokoneilla, jolloin pienet hermot ja verisuonet voidaan kohdistaa ja korjata.
Laser -mikrokirurgia on erityinen leikkaus, joka sisältää mikroskoopin käytön laserin kanssa. Laserin avulla kirurgi voi käyttää vähemmän invasiivista lähestymistapaa. Tällainen leikkaus mahdollistaa joskus kirurgin korjaamaan elimiä tai poistamaan syöpämassat ilman fyysisiä viiltoja.
Endoskooppisessa mikrokirurgiassa mikroskooppi asennetaan instrumenttiin, jota kutsutaan endoskoopiksi. Endoskooppi on joustava tai joskus jäykkä putki, joka työnnetään kehoon luonnollisen aukon tai viillon kautta. Kun endoskoopin asettamiseen käytetään viiltoa, termiä avaimenreikäleikkaus käytetään joskus tällaisiin toimenpiteisiin. Endoskooppi tarjoaa valonlähteen ja keinon lähettää kuvat takaisin putken kautta, jotta kirurgi voi tarkastella niitä okulaarin tai videonäytön kautta. Kirurgi voi sitten suorittaa erilaisia kirurgisia prosesseja lisäämällä päänahat, laserit tai muut instrumentit endoskoopin kanavaan.
Mikroskoopien käyttöä endoskooppisessa kirurgiassa on monia, mukaan lukien suoliston, keuhkojen, korvakäytävän ja kohdun hoito naisilla. Transanaalinen endoskooppinen mikrokirurgia (TEM) on esimerkki kirurgisesta lähestymistavasta, jota käytetään menestyksekkäästi peräsuolen vaurioiden hoitoon. Aiemmin tämäntyyppinen leikkaus oli suoritettava laajojen vatsan viiltojen kautta. Jotkut käden mikrokirurgian muodot käyttävät myös endoskooppia.
Lanneleikkaus on toinen alue, jolla potilaat voivat hyötyä suuresti mikroskooppien ja pienien instrumenttien käytöstä. Säännöllinen lannerangan leikkaus sisältää tyypillisesti suuren viillon, joka paranee pitkään. Lannerangan mikrokirurgian avulla kirurgi voi tehdä hyvin pienen viillon ja suorittaa herkkiä toimenpiteitä, kuten vaurioituneiden luu- tai selkälevyn osien poistamisen.