Mikroskooppi on mikroskoopin osa, johon näyte on asennettu katseltavaksi. Klassisesti näyte asetetaan lavalle diaan, joka voidaan leikata paikoilleen lavan leikkeiden avulla. On olemassa useita erityyppisiä mikroskooppivaiheita, jotka on suunniteltu eri mikroskooppisovelluksiin aina lukion laboratorioissa löydetyistä perusvaiheista mikromanipulaattoreihin, joissa on robottivarret, joita voidaan käyttää näytteiden erittäin tarkkaan, hallittuun käsittelyyn.
Aivan kuten teatterivaiheessa, mikroskooppivaihetta käytetään näyttelyn tähden esittämiseen. Lava on suunniteltu täysin valaistuksi mikroskoopin valolla tai näytteen pitämiseksi paikallaan, kun käytetään muun tyyppistä kuvantamistekniikkaa. Käyttämällä näyttämöllä olevia merkintöjä tarkkailijat voivat suorittaa mittauksia ja sijoittaa näytteitä erittäin tarkasti, ja vaiheen asentoa voidaan säätää niin, että saadaan kuvia eri kulmasta tai jotta tutkija voi nähdä koko dian ilman, että sitä tarvitsee muuttaa manuaalisesti.
Mikroskoopin perusvaihe on kiinnitetty paikalleen ja vaatii manuaalista käsittelyä, jos luistia on siirrettävä tai säädettävä. Mekaaniset portaat ovat säädettävissä, kun taas pyöreät vaiheet tarjoavat enemmän liike- ja säätömahdollisuuksia. Vaiheet voidaan varustaa myös mikromanipulaattorivarsilla ja muilla hyödyllisillä mikroskooppityökaluilla.
Yleensä mitä yksityiskohtaisempi mikroskooppivaihe on, sitä kalliimpaa se on ja mitä parempi mikroskoopin laatu, sitä parempi vaihe. Mikroskooppien kanssa työskentelevien tutkijoiden on usein pystyttävä tekemään erittäin hienoja ja tarkkoja säätöjä, ja kyky tehdä tällaisia säätöjä on tärkeä mainosominaisuus kehittyneessä vaiheessa. Lisäominaisuudet, kuten kyky luoda hallittu ympäristö elävien näytteiden tarkkailuun, voivat myös olla tärkeitä mikroskoopin käyttäjille.
Mikroskoopista riippuen voi olla mahdollista irrottaa vaihe helposti vaihdettavaksi tai se voi olla haastavampaa. Perusmikroskooppeilla on yleensä rajoitetut vaihtoehdot, jotka pakottavat ihmiset pitämään kiinni mikroskoopin mukana toimitetuista linssistä, lavoista ja muista osista. Monipuolisuuden vuoksi voidaan varustaa edullisempia mikroskooppeja osilla, jotka voidaan helposti vaihtaa valmistajan tai alihankkijan valmistamien yhteensopivien varaosien kanssa. Mikroskooppi saattaa olla tarpeen poistaa säännöllisesti huoltoa ja puhdistusta varten, jotta mikroskooppi toimii parhaalla mahdollisella tavalla, jolloin pikalukitus voi olla erittäin kätevä.