Minnesota on yksi pohjoisimmista osavaltioista Yhdysvaltain keskilännessä. Se hyväksyttiin 32. osavaltioksi vuonna 1858. Vaikka Minnesota hyväksyi valtion sinetin vuonna 1861, Minnesotan osavaltion lippua ei ollut ennen vuotta 1893. Valtion lipun luomisen sysäys näytti olleen tuleva vuoden 1893 maailmannäyttely, joka oli pidetään Chicagossa, Illinoisissa, Yhdysvalloissa. Kaikkia Yhdysvaltojen osavaltioita, joita oli silloin vain 44, pyydettiin esittämään ja näyttelemään osavaltionsa näyttelyssä, ja Minnesota joutui ilman osavaltion lippua.
Minnesotan lainsäätäjä nimitti valiokunnan, joka sponsoroi osavaltion asukkaille avoimen lipun suunnittelukilpailun. Voittajan lähetti Minneapolisissa asuva Amelia Hyde Center, ja se käytti valtion sinettiä lipun keskipisteenä. Hyden suunnittelema lippu sisälsi erilaisia värejä – sinistä ja valkoista & mddash; kummallakin puolella.
Minnesotan osavaltion sinetissä näkyy maanviljelijä, joka auraa peltoaan, joka on lähellä puroa ja pientä vesiputousta. Avoin vihreä kenttä on lähellä, ja aurinko nousee kukkuloille ja puille kaukaisuudessa. Viljelijän kivääri lepää hänen takanaan olevaa kantoa vasten. Hän katsoo intiaanien ratsastusta pitämällä keihää ja katsoo häntä. Sinetin nauhassa lukee “L’Étoile Du Nord”, ranskaksi “The North Star”.
Minnesotan ensimmäisessä osavaltion lipussa sinetin ympärillä oli kolme tärkeää historiallista päivämäärää: 1819, 1858 ja 1893. Vuonna 1819 Fort Snelling perustettiin tärkeä sotilasesikunta uusien uudisasukkaiden suojelemiseksi. Vuosi 1858 merkitsee Minnesotan valtiollistamista ja 1893 on lipun suunnitteluvuosi.
Sinetti on seppeletty valkoisilla mokkasiinikukilla sinisellä kentällä. Kaksi nauhaa virtaa sinetin alta ja kehystää valtion nimen. Tiivisteen ympärillä 19 tähteä pienissä ryhmissä muodostavat suuremman tähden viisi pistettä. Lipun suurin tähti edustaa Minnesotaa. Kaksi norjalaista maahanmuuttaja -sisarta, Thomane ja Pauline Fjelde, ompelivat lipun muotoilun silkkiin, ja Minnesotan osavaltion lippu sai näyttelyssä kultamitalin kirjonnasta.
Centerin alkuperäiseen suunnitteluun on tehty joitain muutoksia. Vuonna 1957 lainsäätäjä muutti Minnesotan osavaltion lipun yksipuoliseksi lipuksi, joka perustuu suurelta osin tuotantoon ja kustannuksiin. Etelä-Dakotan lainsäätäjä teki samanlaisen päätöksen osavaltionsa kaksipuolisesta lipusta vuonna 1963 pitkälti samoista syistä. Vuoden 1957 muutosten aikana vaaleanpunaiset ja valkoiset naisen tohvelikukat, kotoisin Minnesotasta, korvasivat valkoiset mokkasiinikukat valtion sinettiä ympäröivässä seppeleessä.