Termi grafiikka viittaa piirroksiin tai kuviin, jotka on luotu matematiikan sääntöjen mukaisesti. Molekyylillä tarkoitetaan molekyylejä ja niiden komponentteja. Siksi yksi molekyyligrafiikan (MG) merkityksistä on molekyylien tutkiminen visualisoimalla itse molekyylit ja niiden komponentit. Molekyyligrafiikka viittaa myös kolmiulotteisiin molekyylikuvauksiin, jotka on tehty niiden tutkimiseksi ja niiden reaktioiden ymmärtämiseksi reaktioiden ja vuorovaikutusten aikana
Molekyyligrafiikalla on tiettyjä etuja fyysisiin malleihin verrattuna. Fyysiset mallit voivat aiheuttaa ongelmia, koska rakenne on hämärtynyt, joustavuus on väärin, päällekkäisyys on lähes mahdotonta tai ne ovat yksinkertaisesti liian raskaita työskennellä. Kaikki nämä ongelmat voidaan ratkaista tietokonegrafiikalla.
Yksi molekyyligrafiikan tärkeimmistä käyttötarkoituksista on proteiinien ja nukleiinihappojen tutkiminen. The Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) -proteiinitietopankki (PDB), johon tallennetaan kokeellisesti määritettyä tietoa nukleiinihappojen, proteiinien ja monimutkaisten kokoonpanojen rakenteista. Tietokannassa oli 27. huhtikuuta 2010 mennessä 64,932 3 rakennetta. RCSB suosittelee toimintoaan kutsumalla vieraita rakentamaan XNUMXD -virusmalleja Rutgersin yliopistossa Rutgersin päivänä. RCSB sponsoroi myös proteiinimallinnuskokeita alueellisilla tiedeolympiaaleilla Yhdysvalloissa. The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) on kansainvälinen järjestö, jolle ryhmät kuten RCSB; PDBe, eurooppalainen vastine; ja PDBj, japanilainen vastine; kuulua.
Toinen alue, jolla molekyyligrafiikka on erittäin tärkeä, on lääkkeiden suunnittelu. Molekyyligrafiikka-avusteinen lääkesuunnittelu-joka tunnetaan myös nimellä tietokoneavusteinen lääkesuunnittelu (CADD), tietokoneavusteinen molekyylisuunnittelu (CAMD) tai rakennepohjainen lääkesuunnittelu (SBDD)-on yksi tiedekunnan keskeisistä tutkimusintresseistä. Esimerkiksi Virginia Commonwealthin yliopiston lääkekemian erikoistuminen farmaseuttisten tieteiden jatko -ohjelmiin.
Molekyylgrafiikan luomiseen erikoistunut ohjelmisto, jota kutsutaan molekyylisuunnitteluohjelmistoksi, on saatavana useissa kaupallisissa pakkauksissa. On olemassa myös erityisiä versioita, jotka on omistettu molekyyligrafiikkaan perustuvalle lääkesuunnittelulle. Huumeiden suunnittelussa telakoinnin ominaisuus – kyky yhdistää näytetty molekyyli reseptoriin – on yksi tärkeimmistä ominaisuuksista, jotka erottivat lääkkeen suunnitteluohjelmiston muista molekyylisuunnitteluohjelmistoista.