Molekyylipainomarkkeri on molekyyli, jota käytetään arvioimaan geelielektroforeesille altistettujen molekyylien kokoa. Tämä on tekniikka, jossa DNA, RNA tai proteiinit erotetaan koon mukaan käyttämällä geelissä olevaa sähkövirtaa. Tätä termiä ei pidä sekoittaa molekyylimarkkereihin genetiikassa – alueilla, joilla organismin DNA eroaa muusta populaatiosta ja voidaan tunnistaa DNA -koettimella.
Proteiinin molekyylipainomarkkereita käytetään yleisesti, kun proteiinit erotetaan geelelektroforeesilla. Molekyylipainomarkkeri on ryhmä proteiineja, joilla on tunnettu molekyylipaino ja joita yleensä tarjoavat biotekniikkayritykset tietyllä kokoluokalla. Yksi valitsee kokoluokan tutkittujen näytteiden perusteella. Molekyylipainomerkit ladataan yhteen ja erotetaan ajon aikana. Mittaamalla markkereiden ja kiinnostuksen kohteena olevan proteiinin kuljettu matka, voidaan määrittää koeproteiinin koko.
Erilaisia merkkejä voidaan visualisoida eri tavoilla. Jotkut molekyylimarkkereista ovat leimaamattomia ja värjätään geelissä muiden proteiinien kanssa. Ne eivät näy ennen kuin koko geeli on värjätty. Muuntyyppiset proteiinimolekyylimarkkerit on esivärjätty väreillä, ja jokainen proteiinityyppi on eri väri. Ero näkyy geelin ollessa käynnissä.
Yksi esivärjätyn molekyylipainomarkkerin etu on Western-blottaus. Tämä on tekniikka, jossa proteiinit siirretään kalvolle ja värjätään sitten vasta -aineilla tietyn proteiinin havaitsemiseksi. Värillisten merkkiaineiden saaminen auttaa määrittämään, onko proteiinien siirto valmis, ennen kuin jatkat muualla.
Molekyylipainomarkkereita käytetään yleisesti geelien DNA: n analysointiin. Usein DNA -molekyylimarkkerit valmistetaan lambda -bakteeriviruksesta. Bakteerit valmistavat restriktioentsyymejä sulattamaan hyökkäävien organismien DNA: ta, ja restriktioentsyymiä HindIII käytetään usein lambda -DNA: n hajottamiseen. Se tuottaa sarjan erikokoisia, toistettavia fragmentteja, jotka tunnetaan nimellä DNA-tikkaat. Vertaamalla standardien suorittamaa matkaa logaritmisella asteikolla voidaan määrittää analysoitavien DNA -fragmenttien koko.
Tätä DNA -molekyylipainomerkkiä voidaan käyttää geenien eristämisen aikana ja geenitekniikkakokeissa tuotetun DNA: n koon analysointiin. Sitä voidaan käyttää myös polymeraasiketjureaktion (PCR) aikana, jossa pieniä määriä DNA: ta tai RNA: ta monistetaan suurten tuotemäärien tuottamiseksi. PCR -tekniikat liittyvät yleisesti isyystestaukseen ja oikeuslääketieteeseen, mutta ne ovat myös hyvin yleisiä lääketieteellisessä ja biologisessa perustutkimuksessa. Erityisiä molekyylipainomarkkereita on saatavana pienemmille tuotteille, jotka on tuotettu tietyntyyppisistä PCR- tai pienistä RNA -molekyyleistä.