Harry Potter -kirjoissa mysteerien osasto on taikuusministeriön osasto, joka keskittyy salaiseen tutkimukseen ja mahdollisesti myös kehittämiseen. Vähän tiedetään mysteeriosaston toiminnasta velhoyhteisössä, joten osasto on samanlainen kuin muut erittäin salaiset hallintoviranomaiset ympäri maailmaa. Lukijoille esitellään Harry Potterin ja Feeniksin järjestyksen mysteerien osasto.
Salaisuuksien osaston työntekijöitä kutsutaan “sanomattomiksi”. Kuten muutkin salaisten järjestöjen työntekijät, he näyttävät elävän pitkälti suljettua ja yksityiselämää, eivätkä ole ystävällisiä tai lähteviä muiden ministeriön työntekijöiden kanssa. Pätevyys olla sanomaton on tuntematon, mutta oletettavasti Unspeakables ovat erittäin lahjakkaita tutkijoita ja velhoja.
Päästäkseen mysteerien osastolle, velhot vievät ministeriön hissin alas massiivisen maanalaisen kompleksin yhdeksännelle tasolle. Yksi ovi avautuu suureen pyöreään huoneeseen, jossa on enemmän ovia. Kun ovi suljetaan, pyöreä huone pyörii, jolloin on mahdotonta tietää, mistä se on tullut. Teoksessa Harry Potter ja Phoenixin järjestys Hermione Granger käyttää taitavasti loitsua tehdäkseen suuria liekkeviä “X” -merkkejä oviin, jolloin nuorten velhojen ryhmä voi seurata, mitä ovia he ovat jo kokeilleet.
Salaisuuksien osastolla on lukuisia erilaisia huoneita. Ne näyttävät olevan varattuja monimutkaisten projektien ja hyvin kehittyneen magian tutkimiseen. On myös mahdollista, että salaisuuksien osasto piilottaa mahdollisesti vaarallisia esineitä. Yhdessä huoneessa on voima ”kerralla upeampi ja kauheampi kuin kuolema”, Albus Dumbledoren mukaan, ja tämä huone pidetään aina lukittuna. Joitakin huoneita tutkitaan Harry Potterissa ja Feeniksin järjestyksessä, sarjan viidennessä kirjassa.
Yksi salaisuuksien osaston keskeisistä huoneista on Hall of Prophecy, joka sisältää velhojen maailmaa koskevia arkistoituja ennustuksia, joita pidetään pienissä lasipalloissa. Profetioita voivat vaatia vain niihin liittyvät velhot. Toisessa huoneessa on suuri aivotankki, johon liittyy ajatuksia, kun taas toisessa on valikoima avaruudessa kelluvia planeettoja. Aikakääntäjät ja muut aikaan liittyvät laitteet pidetään suuressa huoneessa, ja ne tuhoutuvat suurelta osin ministeriön taistelun aikana. Hahmot vierailevat myös huoneessa, joka näyttää keskittyvän kuolemaan viidennessä kirjassa, ja salaperäinen verho roikkuu suuressa holvikäytävässä.