Lainkäyttöalueilla, jotka keräävät myyntiveroa, veroviranomaisilla on yleensä oikeus tarkastaa yritykset varmistaakseen, että kaikki myyntiverot on maksettu asianmukaisesti. Myyntiverotarkastus on prosessi, jonka kautta verovirkailija tutkii yrityksen kirjanpidon varmistaakseen, onko maksamatta olevia veroja. Joskus tarkastuksia tehdään väärinkäytöksissä, mutta useimmiten ne tehdään satunnaisesti. Tarkastettavan yrityksen on lain mukaan tyypillisesti luovutettava kaikki tietueet ja tilikirjat tarkastajalle, ja jos virheitä havaitaan, sen on yleensä maksettava sakko.
Myyntivero on tärkeä tulovirta valtioille ja maille, jotka sitä keräävät. Pienemmät maat, erityisesti Euroopassa, arvioivat myyntiveron kansallisella tasolla. Yhdysvalloissa myyntivero on valtion verokysymys. Kaikki valtiot eivät arvioi myyntiveroa, ja ne, joilla on erilaiset hinnat ja eri säännöt. Tilintarkastusprosessi on kaikissa paikoissa yksi yleisimmistä tavoista valtion verovirastoille määrittää, noudatetaanko paikallisia veronpalautussääntöjä.
Säännöt siitä, millaisia verotietoja yhtiöiden on pidettävä, vaihtelevat lainkäyttöalueen mukaan ja myös myyntiverotarkastuksen aikana tapahtuvat erityispiirteet. Yleensä verotoimisto valitsee tarkastuksen kohteena olevat yritykset hieman satunnaisesti. Se ottaa sitten yhteyttä näihin yrityksiin ja neuvoo heitä olemaan valmiita tietueisiinsa tiettynä päivänä.
Myyntiverotarkastusmenettelyt keskittyvät kirjanpidon tarkastamiseen. Useimmissa tapauksissa yritysten on jätettävä omat verotietonsa hallitukselle, ja näissä tietueissa on ilmoitettava, kuinka monta liikevaihtoveroa tuottavaa myyntiä on tehty. Joskus yritykset voivat käyttää veroilmoitusasiakirjoja vaatiakseen tiettyjä vapautuksia ja vähennyksiä veloista. Tarkastus alkaa verotiedoista. Veroasiamies etsii ennen kaikkea todisteita siitä, että nämä itse arkistoidut tiedot heijastavat tarkkoja taloudellisia tietoja.
Useimpien lainkäyttöalueiden lain mukaan yritysten on pidettävä kirjaa kaikista liiketoimistaan ja ilmoitettava, milloin myyntiverot on peritty ja kuinka suuri osa näistä myyntiverotuloista siirrettiin hallitukselle. Usein heidän on pidettävä nämä tiedot ajan tasalla vuosia. Myyjäverotarkastuksen aikana tarkastaja tarkastaa yrityksen kirjanpito, jonka yritys on itse pitänyt veroilmoitusasiakirjojen rinnalla. Jos tilintarkastaja havaitsee ristiriitoja tai jos hän katsoo, että verot on kerätty väärin tai virheellisesti, hän voi sakottaa yhtiötä veloista ja sakosta.
Tilintarkastaja voi kuitenkin myös havaita, että yhtiö on maksanut liikaa myyntiveroja vuosien varrella. Jos näin on, yritys voi hakea valtion hyvitystä ylimääräisen korvaamiseksi. Jotkut yritykset tarkastelevat säännöllisesti kirjojaan ja tarkistavat liikaa. Tämä tunnetaan hyvitystarkastuksena tai käänteisen myyntiveron tarkastuksena.
Yleensä ei vaadita, että tarkastetut yritykset säilyttävät lakimiehen tai ulkopuolisen kirjanpidon avun, vaikka monet yritykset, erityisesti pienyritykset, valitsevat joka tapauksessa. Ulkopuolisen tilintarkastajan palkkaaminen tilintarkastuksen hoitamiseen ja tilintarkastajan kanssa voi olla tapa, jolla yritysten omistajat voivat jatkaa liiketoimintaansa ilman, että tarkastus aiheuttaa stressiä ja vie aikaa ja energiaa. Monilla tilintarkastajilla on asiantuntemusta tietyntyyppisten tarkastusten hallinnasta ja oikeudenmukaisten tulosten saavuttamisesta. Myyntiverotarkastuksen ulkoistaminen voi olla kallista, mutta olosuhteista riippuen se saattaa olla investoinnin arvoinen.