Nanotietokone on eräänlainen tietokone, jota käytetään yleisesti nanotekniikan alalla. Pohjimmiltaan nanotietokone on mikroskooppinen tietokonelaite. Vaikka nanotietokoneen konsepti on ollut olemassa useita vuosikymmeniä, käsitys tekniikasta kehittyy edelleen, kun dataa ja toimintoja voidaan tallentaa ja hyödyntää järjestelmissä, jotka ovat yhä pienempiä.
Aiempina vuosina nanotietokoneen käsitettä pidettiin pienenä tietokoneena, joka suorittaisi kaikki 1940- ja 1950 -luvun suuriin elektronisiin aivoihin liittyvät tehtävät. Ajan myötä, kun tekniikka mahdollisti pienempien keskusyksiköiden ylittää näiden aikaisempien elektronisten aivojen kyvyt, ajatus nanotietokoneesta alkoi syntyä paitsi pienenä, myös mahdollisesti mikroskooppisena laitteena. Nykyään yleinen idea nanotietokoneesta käsittää pienen laitteen asettamisen kehoon, joka auttaa tukemaan elinten luonnollista toimintaa, hoitamaan sairauksia ja yleensä suorittamaan tiettyjä tehtäviä, joita keho ei enää pysty hallitsemaan ilman jonkinlaista apua.
Mikroskooppisen tietokoneen mahdollisuudet näyttävät olevan rajattomat. Sen lisäksi, että nanotietokonetta käytetään monien fyysisten ja emotionaalisten sairauksien hoidossa, se on joskus suunniteltu mahdollistamaan lopullinen kannettava laite, jolla voidaan käyttää Internetiä, valmistaa asiakirjoja, tutkia erilaisia aiheita ja hoitaa arkisia tehtäviä, kuten sähköpostia . Lyhyesti sanottuna kaikki toiminnot, joita tällä hetkellä saavutetaan pöytätietokoneilla, kannettavilla tietokoneilla ja kädessä pidettävillä laitteilla, olisivat mahdollisia kehoon asetetun ja suoraan aivojen kanssa vuorovaikutteisen nanotietokoneen avulla.
Tällä hetkellä koti- tai yrityssovelluksiin yleisesti käytettävä nanotietokone on edelleen enemmän fiktiota kuin tosiasia. Tekniikka etsii kuitenkin edelleen tapoja tallentaa yhä suurempia tietomääriä yhdelle tietokonepiirille. Koska tietotekniikan mekaaniset näkökohdat johtavat edelleen pienempiin ulkoisiin laitteisiin, biokemiallista rajapintaa hyödyntävän nanotietokoneen konsepti on toteutettavissa. Nanotietokonekonseptin kannattajat uskovat, että nämä mikroskooppiset implantit ovat saatavilla väestölle jossain vaiheessa seuraavan parin vuosikymmenen aikana.