Muuntogeeniset elintarvikkeet ovat herättäneet kiistoja tutkijoiden, ympäristönsuojelijoiden ja talousaktivistien keskuudessa. Muuntogeenistä ruokaa kasvatetaan kasveista, joiden geenit on suunniteltu muuttamaan niiden kemiaa tai biologiaa kestämään kuivuutta, hyönteisten tartuntoja ja sairauksia, ja tekemään tuloksena olevasta ruoasta runsaasti vitamiineja ja kivennäisaineita suurempia, maukkaampia tai pidemmän säilyvyyden.
Muuntogeenisten elintarvikkeiden biotekniikka on kiistanalainen vastustajille, jotka pelkäävät vaikutuksia ihmisten terveyteen ja ympäristöön. He esimerkiksi ihmettelevät, mitä tarkoittaa syötäväksi kelpaamattoman eläin- tai kasvilajin geenien käyttö syötävässä eläin- tai kasvilajissa, vaikka tuloksena olevassa elintarvikkeessa olisi enemmän vitamiineja tai kivennäisaineita ja se näyttää terveellisemmältä. Tämä on ensisijainen ero muuntogeenisten elintarvikekasvien ja valikoivasti kasvatettujen kasvien, kuten maissin tai karjan, välillä maun, kestävyyden tai helpon ylläpidon vuoksi. Esimerkiksi tiettyjen kalojen kemikaali, joka sallii niiden sukeltaa syvälle kylmään veteen, auttaa mansikkakasveja kestämään lieviä pakkasia. Biotekniikan merkitystä tai pitkäaikaisia vaikutuksia ei ole täysin arvioitu, vaikka riskejä ei ole vielä havaittu.
Toiseksi muuntogeenisten elintarvikkeiden viljely on kiistanalainen asianomaisille maataloustuottajille, koska viljelijät eivät voi pitää siitepölyä siirtogeenisistä kasveista, jotka tuottavat muuntogeenistä ruokaa, leviämästä ja lannoittamasta luonnonvaraisia tai ei -siirtogeenisiä vastineita. Nämä vastustajat kiinnittävät huomiota vaurioihin, joita voitaisiin tehdä, jos geneettisesti muunnettujen lajien kantoja vuotaa luontoon ja vaarantaa kasvien ekosysteemin luonnollisen tasapainon. Eivätkö hybridilajit enää kestäisi tietynlaista tartuntaa, koska ne on suunniteltu ilman myrkkyä? Voivatko he tulla lisääntymiskyvyttömiksi? Biotekniikan insinöörit väittävät, että ristipölytys aiheuttaa vähäisen riskin, koska siitepölyn on kuljettava pitkä matka geneettisesti muunnettujen kasvien ja muiden lajien välille rakennettujen vallihautojen yli, eikä tällaisia vuotoja ole tapahtunut.
Kansainväliset taloudelliset huolenaiheet ovat aiheuttaneet kiistanalaisia reaktioita kehitysmaiden talouksien kannattajien keskuudessa. Kun suuri yritys voi manipuloida elintarvikekasveja suurella tutkimus- ja kehitysosastolla, ne varmistavat fantastisen onnistuneen geneettisesti muunnetun ruoan. Jotkut sanovat, että tämä antaa heille epäoikeudenmukaisen edun perinteisiin viljelijöiden viljelymenetelmiin verrattuna, mikä puolestaan luo pitkäaikaisen riippuvuuden yrityksestä. Esimerkiksi yksi yritys on suunnitellut riisiä, jossa on enemmän vitamiineja, parempi kestävyys ja helppo kasvu. He myyvät siemeniä, jotka eivät leviä itsestään, koska kasvit olivat hedelmättömiä, mikä tarkoittaa, että viljelijöiden on ostettava siemeniä joka kausi. Jotkut uskovat, että tämä luo kehitysmaille tarpeettoman riippuvuuden muutamista jättiläisyrityksistä, jotka toimittavat kaikki siemenet ja rikkakasvien torjunta -aineet vuosi toisensa jälkeen saadakseen geneettisesti muunnetun ruoan hyödyn. Toiset näkevät tämän luonnollisena jatkeena kansainväliselle kapitalistiselle järjestelmälle, joka tarvitsee huolellista sääntelyä, mutta jolla ei ole sisäisiä ongelmia.