Organisaatiorakenne on malli liiketoiminnan johtamisesta ja työn jakamisesta. Ohjelmistoyrityksen tyypillinen organisaatiorakenne riippuu suurelta osin sen koosta. Pienemmät yritykset, joilla on yksi tai kaksi toimipaikkaa ja joilla on rajallinen määrä liiketoimia, eivät ehkä vaadi monimutkaisia rakenteita. Toimitusjohtaja tai toimitusjohtaja voi sen sijaan jakaa tehtävät useiden ihmisten kesken. Erilaisia tuotteita myyvän yrityksen rakenne, jolla voi olla liike -elämän intressejä eri puolilla maailmaa, vaatii kuitenkin yleensä toimitusjohtajan valvomaan monimutkaisempia alarakenteita.
Toimitusjohtaja vastaa yleensä hallitukselle, joka hyväksyy yrityksen organisaatiomuutoksia koskevat päätökset. Suuremmissa organisaatioissa on tavallista, että toimitusjohtaja työskentelee operatiivisen johtajan (COO) kanssa. Useimmissa tapauksissa nämä johtajat valvovat ohjelmistoyrityksen kolmea eri puolta: ohjelmistokehitys, rahoitus ja markkinointi. Johtaja yleensä valvoo kaikkia näitä toimintoja.
Organisaatiorakenne voi poiketa, jos ohjelmistoyrityksellä on useita maantieteellisiä sijainteja. Sen sijaan, että suunnitelma jaettaisiin organisaatio ensisijaisiin toimintoihinsa, suunnitelma voi siirtää kullekin toimipaikalle vastuun omista rahoistaan, tuotannostaan ja markkinoinnistaan. Näissä tapauksissa koordinaattorit tai COO: t varmistavat yleensä, että jokainen sijaintipaikka noudattaa yritysstandardeja ja toimii yrityksen tavoitteiden saavuttamiseksi.
Ohjelmistokehitystoiminnot ovat elintärkeitä ohjelmistoyritykselle. Kehitys vaatii usein oman monimutkaisen organisaatiorakenteen. Esimerkiksi kehitysryhmällä pitäisi olla projektipäällikkö, jonka nimittää teknologiajohtaja (CTO). Testaajilla, ohjelmoijilla ja insinööreillä on tärkeä rooli ohjelmistokehityksessä.
Ohjelmistoyrityksen organisaatiorakenteen tulisi sisältää myös työnkulkua ja viestintää koskevia tietoja. Markkinointiosaston on kommunikoitava ohjelmistokehityksen kanssa varmistaakseen, että projektit täyttävät asiakkaiden odotukset. Tietokoneverkoista on tullut tärkeä osa mitä tahansa organisaatiorakennetta.
Yrityksen kasvaessa sen organisaatiorakenteen pitäisi muuttua. Tästä syystä rakenteen uskotaan usein olevan jatkuvan parantamisen tilassa. On tavallista, että johtaja analysoi prosesseja reaaliajassa ja muuttaa työn jakamista prosessien parantamiseksi. Ohjelmistoyritykset ovat yleensä asiakaslähtöisiä, joten johtajien on myös tavallista muuttaa markkinointia vastaamaan uusien tuotteiden tai etujen tarpeita.
Sulautumisten ja yritysostojen yhteydessä myös organisaatiorakenteen on sopeuduttava. Laajentuminen voi myös aiheuttaa työn ja vastuun siirtämisen eri tavoin. On tavallista, että rakenne sisältää toimenpiteitä, jotka on toteutettava odottamattomien tapahtumien, kuten ympäristöriskien, sattuessa.